1 、从进项税入手，通过各种渠道非法购得进项发票后，按照相应进项额虚开销项发票，无中生有，利用虚假发票抵扣税款，造成税款的大量流失，给国家带来巨大损失。
2 、从进项、销项两方面入手，采用“大头小尾”的办法，也称阴阳票，即抵扣联金额多填（大头），夸大交易额，在下一环节中用多开的发票进行抵扣，骗取抵扣税款，达到偷税的目的；存根联金额少填（小尾），销项税上做手脚，以少填交易额的方法，偷漏销项税。这种手段往往使国家蒙受双重损失，既未如实足额收取销项税，，又有大量抵扣税被骗走。
3 、在销售业务中不按规定开据发票，采用“只卖不开”或“多卖多开”，造成进项盈余，将盈余部分虚开发票给一些企业。从中收取手续费，个人获得好处，给国家造成损失。购销双方互相勾结，利用增值税专用发票填写假名称，以骗取出口退税。
4 、一些“皮包公司”以虚开专用发票为生财之道，通过空头注册、虚假出资方式骗取一般纳税人领购发票，不进行任何的销售服务，专做“发票生意”，肆意虚开增值税发票。
5 、少数税务人员利用工作方便，为他人虚开增值税专用发票。
二、 虚开增值税专用发票案件的侦查对策
（一）切实加强增值税专用发票的管理，多形式、多层次开展宣传教育，强化专用发票的管理意识，从根本减少此类犯罪案件的发生。首先要建立健全各项制度，严把增值税发票领销关。税务籍贯要执行一般纳税人领购增值税专用发票和小规模纳税人代开增值税专用发票的规定，对专用发票实行专门管理，专门存放、专柜发放，并设置必要的保安制度；对企业领购专用发票实行专人办公、专帐登记，层层把关的一系列管理网络；并应及时对进、销项发票进行核查，尽早发现进销项不符情况，有效堵塞各种可能的漏洞。其次要进一步严肃内部纪律，加强对税务人员进行法制、廉政教育。从目前掌握的情况来看，绝大部分专用发票的大案都与地方税务部门管理不严、个别税务人员违反制度发放专用发票，甚至与犯罪分子内外勾结有关。如广东肇庆鼎湖区税务部门违反一般纳税人的认定条件，任意放宽认定资格，把一些本属小规模纳税人的企业都视同一般纳税人，将增值税专用发票视同一般销售发票发放，使增值税专用发票被犯罪分子用来大肆虚开，虚假专用发票涉及广东省内 20 各地区、全国 27 各省市区，导致国家税款的大量流失。为此，应当严厉打击查处税务干部队伍中违法违纪和少数腐败分子，对确因玩忽职守造成重大损失的事件，坚决追究企业法定代表人及有关人员的责任，情节严重的，依法交由公安机关立案侦查追究刑事责任。再次，要加强对专用发票遗失、失窃后的登记申报制度。专用发票遗失或失窃后要及时到税务机关进行登记申报工作，及时做出作废处理，以免犯罪分子使用该发票进行虚开骗税或其他违法犯罪活动。由于登报申明告知面有限，最有效的办法是通过各级税务机关进行计算机联网，将专用发票的号码存入计算机网络内，一旦发生遗失或被窃，即可通过计算机系统做出作废处理，可有效防止犯罪行为的发生。
（二）做好对增值税专用发票的防伪辨认工作。增值税专用发票实行全国集中统一印制，采用专用水印纸，有色、无色荧光专用油墨等多种防伪措施，在一定程度上遏制了伪造专用发票的犯罪活动。与此同时，虚开增值税专用发票的犯罪问题更加突出，因此应大力加强对增值税专用发票的防伪辨认工作，尤其要加强对“真票假开”现象的揭露。对增值税专用发票的辨识工作，除了要纸张、水印、有色荧光、无色荧光、拓印号码等方面进行全面验定，配置必要的鉴别仪器外，还应加强五方面的工作：一是严格审查专用发票是否为失窃发票；二是审查专用发票内容的填写是否完整、正确、规范；三是结合其生产、经营情况，审查其是否存在真票假开现象；四是审查专用发票的开具时间是否与实际业务发生时间相符；五是审查进项发票有无商品未结算入库，企业先期抵扣税款的现象。通过以上五方面的工作发现以失窃增值税发票虚开和以真票假开、虚开，骗取抵扣税款和出口退税的犯罪活动，立案侦查，予以坚决打击。