至于593号文件在新《征管法》发布实施后是否仍然有效，则涉及到新老《征管法》的衔接问题。在新《征管法》发布实施后，有一种观点认为旧《征管法》的法规如果没有修订则自动失效。对此，笔者认为，旧《征管法》的废止“属于默示的废止”，但又不能简单地理解为新《征管法》实施后旧《征管法》即完全废止，而应按照新法优于旧法的原则，理解为新《征管法》实施前颁布的税收法律与新《征管法》有不同规定的，适用新《征管法》的规定。因此，593号文中有关旧《征管法》第二十条涉及滞纳金的比例为干分之二规定的内容，只需按照新《征管法》第三十二条相应规定的万分之五执行即可，并不影响该文件其他内容的有效性。
2.纳税人没有依法预缴其他税种税款的加收滞纳金的处理
虽然593号文明确了内资企业所得税预缴的滞纳金处理问题，但对其他税种税款的预缴是否加收滞纳金则没有针对性的补充文件进行具体规定，这也是引起当前争议的原因之一。但笔者认为，税法没有具体规定并不等于没有法律依据，其法律依据可以从《征管法》中有关缴税和滞纳金的规定中去引证。
根据《征管法》第三十二条第二款规定：“纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。”这里对缴税并没有限定是“预缴”或“汇缴”，还是一般正常的缴税。因此需要明确的问题是，“预缴”税款是否属于“缴税”的范畴。由于目前税法没有对“预缴”明确定义，笔者认为可以从涉及预缴的各税种的法规条文规定归纳：对纳税人的应缴税款在纳税期限中间采取提前预先分期缴纳，期末再进行汇算，多退少补的方式。
虽然相对于一般的税款缴纳方式，“预缴”有其特殊性，但是不能因其特殊性而否定其一般性，因此，《征管法》第三十二条有关纳税人未按期缴税须加收滞纳金的规定应同样适用于预缴的各税种。
此外，虽然相对于纳税人的某一个完整纳税期限而言，在期中预缴的税款不一定是最终需要缴纳的税款，具有相对的不确定性，但是对于某一个预缴期而言，所预缴的税款又是可以计算确定的，因此，以预缴税款具有不确定性作为免于加收滞纳金的理由是不成立的。
3.未按期预缴税款的处罚问题
在明确了预缴税款的性质和滞纳金问题后，对于纳税人未依法预缴税款的行为应如何进行处罚的问题就迎刃而解了。既然预缴税款是属于纳税人缴纳税款的一种方式，除对企业所得税季度预缴有关偷税认定的特定情况已经予以明确外，《征管法》中有关对纳税人未按期纳税进行处罚的规定，同样适用于未按期预缴其他税种税款的情况，但具体操作则需要结合实际进行判断。
需要完善的相关政策
虽然笔者认为加收滞纳金的规定应适用于预缴税款，但是目前有关滞纳金的制度尚需完善。
首先，是对预缴税款加收滞纳金的时限问题，由于预缴的税款在纳税期满后需要汇算，因此对未按期预缴税款加收滞纳金的终止时间应定在汇算期满日，而不宜笼统规定在实际缴纳税款之日。至于纳税人在汇算期满后仍有未缴税款的，则该部分滞纳税款应从汇算期满后重新算起。这样的操作也许过于繁琐，但是符合税法的精神，也较能维护纳税人的权利。
其次，是目前纳税人反映最多的预缴汇算退税的利息问题。按照税法规定，纳税人未按期预缴的税款税务机关需要加收滞纳金；而对纳税人多预缴的税款在汇算退税时却不退还占用其资金的利息，即多预缴不退利息，少预缴要收滞纳金，这对纳税人而言显然有失公平。根据公平对等的原则，笔者认为需对有关退税的规定进行完善，以便更好地促进纳税人自觉依法预缴税款。
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