受审计成本和审计技术的制约，注册会计师不可能对被审计单位是否遵守所有法规的情况进行全面审计，不能绝对保证会计报表的真实可靠；并且由于标准简式审计报告的容量有限，只能以高度凝练的语言对被审计单位会计报表的编制是否符合财务会计法规及是否公允、一贯表达意见。这样，相当一部分审计报告使用者的需求就得不到满足，包括财政部门、税务部门、工商行政管理部门，外汇管理部门等等。在这种情况下，运用行政权力干预注册会计师审计过程和审计报告的内容就带有了一定的无奈性。 注册会计师协会的作用没有充分发挥。注册会计师协会是由注册会计师组成的自律性社会团体，它通过自我教育、自我制约、自我发展为注册会计师这一市场中介创造了条件，它是市场经济体系中联系政府和事务所的桥梁。但是目前我国注册会计师协会的内部机制还不很完善，运作也不很顺畅，且不能从根本上摆脱行政干预，不能代表其成员有效的发展和保护本行业，削弱了注册会计师的执业能力和独立性，未能起到应有的行业管理和监督作用。
（四）从审计本质来看，公司治理结构上的缺陷导致了上市公司与审计机构之间的监督与制约关系失衡，从而使审计丧失了最基本的属性——独立性。
上市公司审计中存在着委托人、被审计人与审计机构三者之间的特殊委托代理关系。被审计人即为上市公司，其主要表现为公司经营管理层，它是替委托人即股东管理公司资产的“代理人”；而审计机构则是替委托人即股东签证公司管理层业绩的“代理人”，即二者均是受托人，为同一委托主体——股东服务的。故按照委托代理理论，对上市公司的审计是“代理人”监督“代理人”的过程，是可以保证其公正性的。但是，由于我国目前在公司治理结构上的不完善，主要表现之一就是以国有性质为主的上市公司的股东大会、董事会不能真正起到对公司经营管理层(以总经理为代表)应有的控制作用，很多公司总经理本身就是董事长，或董事会重要成员，这样就使“内部人控制”现象非常严重。原本上市公司审计中存在的三者之间的委托代理关系实质上已简化为二者之间的关系，即由上市公司的经营管理层委托审计机构对自己进行审计，并且由其决定相关的审计费用等事项，从根本上破坏了委托代理理论下上市公司与审计机构之间的平衡关系，使审计机构难以保持其公正执业最根本的条件——独立性。
二、改善审计执业环境的相关对策
（一）注册会计师执业社会环境的完善
1、净化会计行为环境，提高会计信息质量。会计信息的失真原因是多方面的，既有追求利益的因素，也有产权不明、执法不严、道德低下的因素，因此必须对症下药，从多方面入手解决当前信息失真的问题，改善审计执业环境。(1)加大对财务会计造假的惩罚力度和执法力度，纠正各种形式的“人治”倾向，严格按新《会计法》办事，并把处罚重点放在处理责任个人身上；(2)加强职业道德建设，应制定一套可操作的会计职业道德规范，并建立相应的评价机制，提高会计人员的职业道德意识和道德水平；(3)强化政府监督，建立以财政监督为主体，审计、税务、信贷监督为补充的监督体系，严格明确各监督主体的职责，形成监督合力；(4)坚持法制宣传和培训教育相结合的原则，强化企业负责人和会计人员的法制观念，形成有效的企业内部自我约束机制。
2、继续推进会计师事务所体制改革，提高注册会计师的独立性和风险意识。独立性是审计工作的灵魂，建立一种不受干扰、公平竞争的机制是独立性的保证。为此必须从以下各方面入手，提高审计的独立性。(1)推进行业管理体制改革与创新，结合当前政府转变职能的工作，进一步理顺事务所、地方注协与财政部门的关系，明确各自的职责，解决脱钩改制遗留下来的各种问题，使事务所能够真正独立执业；(2)积极推进执业机构向合伙制转变，加大事务所的执业责任，提高注册会计师的风险意识，增加注册会计师提供高质量审计服务的压力和动力。