事业单位在主义市场中仍然占有重要地位。解决现有事业单位存在的必须依靠改革，但改革的方向不是也不可能取消全部事业单位，重点在于调整和规范。
改革后的中国事业单位，其性质应当是：主要从事社会事业和公益事业的独立于政府和之外的非盈利组织。其基本特点是：非政府（也非“二政府”）、非企业（也非准企业）、非盈利（也非变相盈利）。
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事业单位改革是中国经济体制改革的重要组成部分，与国有企业、政府管理体制改革一样，对建立和完善社会主义市场经济体制起着十分关键的作用。在国有企业和政府管理体制改革已深入进行并取得积极进展的今天，推进事业单位改革显得非常迫切。但中国事业单位性质模糊、职能混杂，分布广泛、涉域交叉、利益关系复杂、责任边界不清等特点，使得对它的改革又极为艰难。全面深化事业单位改革，有必要在一些关键问题上理清思路，形成共识。
事业单位的地位
中国事业单位形成及演进至现状的原因极为复杂，但大体上说两个方面起了关键作用。一是基于提高政府效率和减少财政负担的目的，必须尽量减少政府机构和行政人员，但同时又必须提供不断增长和日益多样化的公共服务。这是导致中国事业单位分布广、数量多、规模大的主要原因。二是基于解决经费短缺窘况和保障既有利益的目的，必须创造性地开展业务活动，但同时又必须保持现有的体制构架。这是导致中国事业单位政事不分、事企不分、职能繁杂、行为混乱的主要原因。
迄今为止，中国全部事业单位１３０多万个，其中独立核算事业单位９５．２万个。纳入政府事业单位编制的人员近３０００万，各项事业经费支出占国家财政支出的３０％以上。一般地说，可以把现有中国事业单位分为如下三类：一是直接承担政府行政职能、为政府服务的事业单位，主要从事的是监管、资质认证、质检、鉴证及机关后勤服务等类的活动；二是承担公共事业发展职能、为社会服务的事业单位，主要从事的是科教文卫等社会事业和与公共基础设施建设、公用事业服务相关的活动。三是承担着中介沟通职能、为市场和企业服务的事业单位，主要从事的是咨询、协调一类的活动。但是，从实际运作看，其性质则极为复杂。譬如，有的享受着事业单位的待遇，却完全从事着与政府部门一样的行政管理活动，拥有比一般政府部门大得多的行政权力；有的挂着事业单位的牌子，却直接从事着如企业一样的经营活动；有些并非法定承担政府职能的事业单位，却实际上拥有由主管部门直接和间接转移过来的行政职能；有些单位全部或者大部分受国家财政资金供养，却仍然变相地从事着收费性经营活动；等等。
从总体上看，事业单位对中国经济社会发展作出了重要贡献，尤其是在推动社会事业发展和扩大公益服务供给方面起着十分重要的作用。但也有一些事业单位，占着国家资源、受着财政支持，却没能充分有效地提供相应的服务和积极公正地履行应尽的职责，反而利用事业单位性质上非政非企又亦政亦企的模糊空间，最大限度地运用、享受着政府部门与企业两者拥有的权力和利益，又最大限度地游离于政府部门所受的行政约束和企业所承受的市场压力之外。其结果是扰乱了经济运行规则，破坏了社会资源的合理配置。许多事业单位甚至成为了腐败现象滋生的良好土壤和国有资产流失的有效渠道。
这就有一个在改革中对事业单位地位重新确认的问题，也就是说，在未来改革的进程中，事业单位还有没有必要继续存在？答案无疑应当是肯定的。第一，在经济社会活动中，的确存在那些既不适宜于政府部门直接从事，也不适宜于企业直接经营的事务，处理这些事务为事业单位的存在提供了根据。第二，在某些情况下，作为除政府和企业之外的“第三部门”，事业单位在处理许多经济社会事务时具有比政府和企业更便利、更富效率的优势；而在另一些情况下，作为介于政府和企业之间的“第三者”，事业单位在协调和沟通方面具有不可替代的作用。第三，作为一个庞大的群体，中国的事业单位承载了巨大的就业量，并为政府和企业分担了巨大的社会负担。从中国实际出发，事业单位的这种功能决定了其存在的必要性和走完全消除之路的不可行性。否则，不仅会加剧旧有矛盾，而且会引发新的问题，从而形成社会危机。