据此，笔者认为2001年的《拆迁条例》中“拆除违章建筑不予补偿”的涵义是：在城市房屋拆迁过程中，拆除依法应当拆除的违反法律和行政法规而建设的建筑物和构筑物的，不予补偿。
由此，我们可以得出结论：在城市房屋拆迁中对违章建筑进行处置时，并非全部拆除不予补偿，而是应当根据具体情况分门别类依法予以处理。对依法应当拆除的，予以拆除并不予补偿；对于拆迁公告前可以补办手续的违章建筑或手续不全的房屋等，则应查明事实，妥善处理，应予补偿的则予以补偿。
以下将对在拆迁中如何处置违章建筑进行探讨。需要说明的是：1.本文以下所提及的违章建筑若无特别说明，是指广义上的违章建筑，即违法建筑。至于只是违反了规范性文件的规定，而不违反法律、法规、规章的建筑物，应为合法建筑并予以补偿，拆迁入或行政机关不应以其缺少规范性文件所规定的手续为由，拒绝补偿。故此类建筑物不在本文以下的研究范围之中。2.本文只涉及作为违章建筑业主的当事人，而不涉及违章建筑的施工方。因为对施工方只存在依法处罚的问题，不存在补偿的问题，故其不在本文研究范围。
二、拆迁中对违章建筑的处置原则及若干问题
根据上述对拆迁条例中拆除违章建筑不予补偿涵义的辨析，我们就可以正确处理在城市房屋拆迁范围内的违章建筑问题了。这里有三种情形必须排除在外：第一，在拆迁公告之后所建设的建筑物等。对此类建筑因其违反了拆迁条例等规定，应无条件拆除，不予补偿。第二，行政执法机关已对违章建筑作出查处决定的。对此类问题在拆迁过程中就应按查处的结论去处置，若行政执法机关已作出拆除决定，但未执行的，不予补偿；如行政执法机关已作出没收决定的，但尚未没收的也不予补偿；对行政机关责令改正，补办手续的，但当事人尚未补办的，应督促当事人补办手续，对当事人不愿补办手续的，可参照合法建筑适当补偿。第三，拆迁人与被拆迁人已就违章建筑的补偿达成一致意见的，行政机关在拆迁裁决过程中不应以拆除违章建筑不予补偿为由，而否定拆迁双方已达成的拆迁安置补偿合同的效力。在此种情形中若是国家建设项目或市政工程拆迁，则另当别论。
（一）拆迁中对违章建筑的处置原则
笔者以为，国家建设项目、市政工程等公益拆迁行政机关在作出房屋拆 迁安置裁决时对违章建筑的处理应遵循以下原则。
1.实事求是的原则
这一原则也是《关于认真做好城镇房屋拆迁工作维护社会稳定的紧急通知》所确立的原则，是解决拆迁范围内由于历史原因造成的手续不全房屋（包含违章建筑在内）的基本原则。故此，行政机关在处置违章建筑时应当查明违章建筑形成的时间、原因、用途等因素，妥善处理。
2.合法行政、合理行政的原则
作为《全面推进依法行政实施纲要》所明确的依法行政的两项原则，应当贯穿于行政机关处理拆迁问题的始终。由于最高人民法院《关于当事人达不成拆迁补偿安置协议就补偿安置争议提起民事诉讼人民法院应否受理问题的批复》（法释（2005）9号）进一步明确了拆迁人与被拆迁人或者拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议，应当向行政机关申请裁决。故此，行政机关更应遵循公平、公正的原则，要平等对待拆迁人与被拆迁入及相关当事人，不偏私、不歧视，针对违章建筑采取必要、适当的措施和手段。
3.宽严相济、充分保护被拆迁人合法权益的原则
由于形成违章建筑的原因比较复杂，且在实际生活中，违章建筑已成为一部分低收入家庭的主要收入来源，成为其维持基本生活的保障。故此行政机关应当分门别类，宽严相济，针对不同的具体情况，采取不同的措施，充分保护被拆迁人的合法权益。
（二）处置违章建筑应当解决的几个问题
要在城市房屋拆迁中妥善处置违章建筑，就应当解决违章建筑的起因、违章建筑当事人在拆迁中的法律地位、当事人对违章建筑享有的权利、行政机关对违章建筑的追诉时效等问题。笔者现就上述问题作一初浅的探讨。