中国现行金融税制存在的第二个主要问题是金融税收覆盖面偏窄，一些金融业务或者收益并没有纳入征税范围，有些税收措施欠公平，税收政策也不能适应金融创新的发展步伐。其主要表现是：
(一)金融衍生工具税收尚未明确。
现行税制的一些方面不能适应金融衍生工具发展的新情况，例如：
1.对一些新保险品种的征税问题还没有明确的政策取向，如投资联结保险这一类新险种的分红收益，目前还未纳入个人所得税的征收范围，这与银行储蓄利息所得要纳税相比较，显得不够合理。发达国家对寿险投资收益所得的征税情况较为复杂，但是许多国家将一般寿险的投资分红所得纳人个人所得税的征税范围。此外，从各国税制发展趋势看，对不同投资所得的税收差别待遇也在不断减少。如澳大利亚在2000年的税制改革中，为了使各种投资主体和投资方式的税收负担更加平衡，取消了大部分对寿险投资收益的税收优惠政策，使各种投资收益都尽可能地纳入征税范围。
2.涉及金融租赁公司的税收政策，主要包括三项不利于融资租赁业务发展的具体规定：一是实际具有投资性质的融资租赁业务不能享受正常投资有关的税收优惠政策(如投资抵免政策)；二是在确定营业税税基的时候，租赁公司所承担的外币利息允许从收取的租金收入中扣减，而所发生的本币利息则不能扣减；三是回租业务过程中存在相关交易税的重复征税问题(如不动产回租会涉及征收两次营业税)。
3.随着信托市场的规范和发展，特别是《中华人民共和国信托法》已经于2001年4月 28日获得全国人民代表大会常务委员会通过，并于当年10月1日实施，如何科学地制定与信托业务特点相适应的税收政策是当务之急，应当尽快出台有关的税收制度和办法。
(二)证券资本利得没有全部纳入征税范围。
目前中国对转让股票所得(这是常见的资本利得的一种形式)征税的情况是，在股票交易环节不论盈亏都要征收较高的流转税，企业转让股票取得的所得按照普通所得缴纳企业所得税，个人转让股票取得的所得暂免缴纳个人所得税，这样的规定显然有违税收公平。此外，个人买卖证券投资基金暂免缴纳个人所得税。
(三)内资银行与外资银行税收负担不公平。
从流转税来看，对一般性贷款按照利息收入全额征收营业税，对外汇转贷按照利差征收营业税。从表面上看，内资银行与外资银行的营业税政策是一致的，但是由于内资银行的业务主要以人民币贷款为主，外资银行以外汇转贷为主，所以，外资银行营业税的实际税负远远低于内资银行。而且，外资银行不必缴纳城市维护建设税和教育费附加。
从所得税来看，由于内资银行与外资银行分别适用实行两套所得税制，而且外资银行享有较多的优惠，所以，外资银行的所得税负担要比内资银行轻得多。如符合规定条件的外资银行可以从开始获利的年度起，第一年免征所得税，第二年和三年减按7.5％的税率征收所得税，以后年度均按15％的税率征收所得税；而内资银行所得税税率一般为33％。
(四)金融机构间的往来没有纳入营业税征税范围。
目前，在内资银行的利息收入中，金融机构往来收入所占的比例都很大，有些银行甚至超过50％，对这部分收人不征营业税不符合市场经济的基本原则，这也是导致一些银行资金运用效率低下的重要原因之一。
二、关于中国金融税制改革的初步建议
(一)降低银行业的营业税税负，扩大征收范围。
从中国的实际情况出发，为了避.免产生大的震动，银行业的营业税税率可以在2003年降至5％的基础上，继续逐步调低。在银行业的营业税税率进一步调低的基础上，可以考虑对所有的贷款业务均按照利差收入征税。同时，对金融机构往来收入征收营业税。这样做既可以规范税收制度，又可以有效地促进银行提高资金的利用率，有利于内资银行与外资银行在平等的条件下展开公平竞争。
(二)对金融衍生工具征税。
1.对于保险业带有投资收益性的险种，可以考虑将投资收益纳入个人所得税的征税范围。