物流系统程度低。为B2C承担物流配送，要求连锁经营店本身的物流通畅，拥有一个高效运作的物流体系。而我国连锁经营店尚缺乏高效成熟的物流系统，商品信息传递慢，配送速度慢，致使店铺经常出现缺货、断档的现象，商品管理水平低下；同时物流成本高。而在发达国家大型连锁经营企业的背后，都有一整套强大的物流支撑系统。这种物流支撑系统，要么由连锁经营企业自己拥有，要么由专业化的第三方物流企业向连锁企业提供。前者以沃尔玛特公司最为典型。该公司自己拥有一套全球定位系统，5000多辆货车，200多个配送中心，几千家店铺。
信息化程度低。发达的连锁商业是以先进的信息技术作为支撑的，而我国多数连锁企业的经营门点目前只是采用了电子收款机，商品实时管理系统还未建立；大部分连锁经营企业没有真正建立与其经营相适应，保证其高效运转的配送中心；即使部分企业已有配送中心，但自动化水平很低，在和供货商直接联网方面，基本处于空白。有资料表明，发达国家连锁企业的网络配送比例一般为80－90％，而我国仅为30－40％。
让连锁经营与电子商务有效对接
要使连锁经营与电子商务实现有效对接，最重要的是要解决好连锁经营自身存在的诸多，改善连锁经营的现状，以使连锁经营店具有对接电子商务的基本条件。为此，必须大力发展连锁经营业，扩大有效的规模和网络（盲目的无规模效益的连锁越大越糟），并在连锁经营信息化上下功夫。在国外，连锁经营是被看作信息产业来看待的，其信息化程度可见一斑。连锁经营店只有拥有了发达的信息系统后才能使物流配送更有效率，也才可能与电子商务B2C实现顺利对接。当然，作为电子商务企业来说，提高B2C的支付速度和安全性也是实现两者顺利对接的保证。
在此基础上，则要充分加大电子商务与连锁经营的合作力度、拓宽合作领域，使电子商务企业和连锁经营企业达到“双赢”。连锁经营与电子商务虽然属于两个不同的领域，但是两者的结合却散发着无穷的魅力。以全球最大的房产连锁品牌21世纪不动产为例。21世纪不动产在全球拥有6300家加盟店，平均每一分钟有一个房地产交易发生于其系统上，去年的累计销售额已达到10000亿美元。21世纪不动产在美国在线AOL创立之初，即与之成立了战略联盟，AOL上有21世纪不动产的虚拟专用网，所有的加盟商与经纪人可以从该网上看到系统内的关于培训、管理及经营的最新信息。通过与管理的组合，21世纪不动产成功地将近8000家在美的加盟店通过合并重组的方式，整合为现在的4400家较大规模的加盟店，使效益大大的提高。在日本，“7－11”便利店利用其营销网络优势和信息技术优势，已经成为部分B2C电子商务公司的交货地点，消费者在网上轻点鼠标后，就可以就近选择一家“7－11”便利店取走货物。
无论是连锁经营企业还是电子商务企业均缺乏合作的经验，成功实现对接的事例乏善可陈，因而在两者合作过程中可能会出现各种各样的问题，双方还需要不断摸索，积累经验，彼此协作，才能达到共同发展。