3 三阴三阳是一个与空间病位相关联的概念
3.1 三阴三阳的三部定位 古人认为六气的运行要有一定路径、经界，在不同的时间六气所主的空间位置是不同的。《伤寒论》继承了《内经》中三阴三阳的空间病位观，却否定了“经络病位”和“六经传变”观，确立了表、里、半表半里的三部病位观。《伤寒论》中众多单独使用三阳三阴名称的多指部位、系统而言，如太阳受之、太阳中风、太阳初得病时、太阳随经、阳明内结、转属阳明、属阳明、阳明居中主土、转系阳明、阳明中风，少阳中风、属少阳、转入少阳、系在太阴、太阴者、太阴中风、太阴为病、属太阴、少阴汗、厥阴中风等。三阳之气，太阳主表、阳明主里、少阳主半表半里，这在《伤寒论》中是很清晰的。《伤寒论》在三阴主位上并不十分明了，把三阴统称里证是极不准确的，这对三阴定位造成了极大混乱。《素问・阴阳离合论》说：“太阴为开、厥阴为合、少阴为枢。”张景岳说：“太阴为开，居阴分之表，厥阴为合，居阴分之里也，少阴为枢，居阴分之中也，开者主出，合者主入，枢者主出入。”这样，太阳为三阳之始，厥阴为三阴之末，一开一合，一入一出，阴阳相交，对立依存，同属表部。阳明为三阳之末，太阴为三阴之始，一开一合，一出一入，阴阳相接，对立依存，同属里部。少阳为二阳之枢，少阴为二阴之枢，沟通表里，联系内外，同属半表半里。
3.2 六证的概念 六证是在六气所主的时间和部位发生病变所表现出的特异性脉证。六证即后世所谓的提纲证，它是六病的特殊表现形式，是病证的时位统一。《伤寒论》中有太阳证、阳明证、少阳证、少阴证等。六病的提纲证“××之为病”的脉证即六证。《伤寒论》六病的提纲证历来争议也很大，仲景的六证只是一个病时和病位的辨证，不具有病性特征。如“太阳之为病，脉浮、头项强痛而恶寒”，这是一个病位在表、病时在太阳时的时位统一的特异性脉证，也可称为典型的太阳病。其他也然。
3.3 六病和六证是不同的两个概念 六病只有时间性，而六证不仅有时间性，还有空间性，是六病时位上的统一和特异性的脉证。六证是典型的六病，六病是非典型的六证。所以《伤寒论》六病的每一病中，各种各样的方证都有可能出现，它们或者仅病时、或者仅病位与六证一致。相反，同一方证，由于病时不同，表现是有差异的。如吴茱萸汤证在阳明病时、少阴病时、厥阴病时表现是不同的，阳明病、少阴病的大承气汤证，猪苓汤证表现也是各异的。这对于准确辨识方证在不同时间段的表现是十分重要的。也就是说，同一方证由于时间不同，其表现是有差异的。
4 合病与并病
《伤寒论》以六病为体例的归类和划分外感热病的方法显然克服了以季节日数为体例的一些不足，同时也产生了这样一个问题，就是有大量的病证，病时横跨两个时段或几个时间段。仲景创立了合病、并病解决了这一现象。没有明显的六时特点的病证，仲景直称伤寒，或以其他病名来命名，如霍乱、黄疸等。
《伤寒论》的体例，辨太阳病脉证并治上，主要论述太阳病，辨太阳病脉证并治中主要论述太阳阳明合病，辨太阳病脉证并治下主要论述太阳少阳合病。辨阳明病篇主要论述阳明病和阳明少阳合病以及三阳合病。辨少阳病篇主要论述了少阳病及三阳合病，非常有次序。三阴病由于病时相互重叠，因而也就没有合病、并病一说了。
5 临证举隅
许某某，女，52岁，会计，2003年12月23日就诊。患者咳嗽气喘4月余，后半夜加重，不能入睡，痰白量多，口渴，饮水多，小便频，体胖，舌红、苔白而干，脉沉，经多家医院中西药反复治疗无效。后怀疑为间质性肺炎（未行支气管镜检查）。处猪苓汤6剂。2004年1月1日二诊，咳嗽减，但不明显，再详细询问病时，发现每日凌晨5~7时咳嗽加剧，吐出大量白色泡沫痰，甚至小便失禁、出汗、气短、咽痛、胸痛、喝水后上逆，方用麻黄升麻汤合猪苓汤。2004年1月10日三诊，咳嗽气喘明显好转，胸不痛，早晨5~7时仍咳吐泡沫痰，痰黏难咯，多汗，去猪苓汤单用麻黄升麻汤加黄芪（知母10 g、黄芩10 g、玉竹10 g、白芍3 g、干姜3 g、天冬3 g、桂枝3 g、茯苓3 g、白术3 g、麻黄6 g、升麻6 g、当归6 g、五味子3 g、甘草10 g、桔梗3 g、黄芪6 g），共计服药1月余，诸证尽消。2004年9月18日又来诊，言愈后半年未发，近日出国旅游，下水游泳，劳累加感冒引发咳喘，他医予中西药治疗1月余，越发加重，方仍用麻黄升麻汤去干姜、桂枝，12剂而愈。