一、本谅解的适用范围
本谅解适用于两种情况。
第一种是按照附录1所列适用协定[2]中的磋商和争端解决规定而提起的争端。每个适用协定都有磋商和争端解决的规定，适用于有关本协定项下权利义务的争端。例如，《补贴和反补贴措施协定》第7条第1款规定，如果一成员认为另一成员的补贴措施对其国内产业造成了损害，就可要求进行磋商。第7条和第30条还对双方的争端解决作出了规定。因此，根据这些规定提起的争端，应当适用本谅解。[3]
第二种情况是成员之间就《WTO协定》和本谅解中的权利和义务的争端而进行的磋商和争端解决。附录1所列适用协定包括了《WTO协定》和本谅解本身，但《WTO协定》中涉及成员的权利和义务，却没有关于磋商和争端解决的规定；本谅解也涉及成员的权利和义务，但并没有对这些权利和义务规定磋商和争端解决程序。因此，关于这两个协定中权利和义务的磋商和争端解决，也适用本谅解规定。
与其它具体协定相比，《WTO协定》和本谅解属于成员总的权利和义务，常常体现在其它具体协定中，因此这种磋商和争端解决可以单独进行，但也可以与其它适用协定结合进行。[4]
《乌拉圭回合多边贸易谈判结果最后文件》中，包括了《WTO协定》及其附件、部长宣言和决定，以及《关于服务承诺的谅解》。对于《WTO协定》及其附件，本谅解附录1没有提及《贸易政策审议机制》，这应当理解为本谅解不适用于贸易政策审议机制，或者说不能根据这一协定提起争端解决。本谅解也没有提及众多部长宣言和决定中，而这些宣言和决定显然对成员的权利和义务也作出了规定。合理的理解是，由于这些宣言和决定大多与单个适用协定有关，当就这些适用协定援用本谅解时，也就捎带上了宣言和决定。《关于金融服务承诺的谅解》由于已经被有关成员列入其服务贸易承诺减让表，应适用本谅解的规定。
二、抵触
1、适用协定与本谅解抵触[5]
如上所述，各适用协定都有磋商和争端解决条款。有些协定只是简单地援引本谅解。例如，《原产地规则协定》第7、8条规定，有关原产地问题的磋商和争端解决，适用本谅解的规定。
但有些协定不仅援引了本谅解，而且作出了自己的特殊或附加规则和程序。[6]例如，《关于实施1994年关税与贸易总协定第6条的协定》（“《反倾销协定》”）第17条第4－7款就对争端提交DSB，专家组的职责以及信息披露等问题作出了规定。这些是结合具体协议特点作出的特殊规定。在本谅解与这些特殊规定相抵触的情况下，特殊规定优先。
在危地马拉水泥案中，上诉机构指出，本谅解规则和程序与适用协定的特殊或附加规定应同时适用。只有在两者不兼容，即遵守一个规定就会违反另一个规定的情况下，才应优先适用特殊或附加规定。上诉机构进一步指出，两者共同构成争端解决程序整体，只有在特殊情况下才存在优先适用的问题；不能认为特殊或附加程序取代了本谅解的规定。[7]
当然，有些特殊规则，特别是关于时限的规定，是明显与本谅解不一致的。例如，《补贴和反补贴措施协定》第4条第4款规定磋商时间为30日，而本谅解第4条第7款则规定60日。在这种情况下，对于补贴方面的争端，就应适用30日的规定。但如果一个案件涉及多个适用协定，例如《补贴和反补贴措施协定》和《农业协定》，而《农业协定》并没有磋商时限较短的规定，则起诉方似乎应放弃援用较短期限的权利，转而使用较长期限，即进行普通的60日磋商。
2、适用协定之间抵触
在WTO争端解决案件中，一项争议涉及两个以上协定是很常见的。例如，在上述印度尼西亚汽车印度尼西亚汽车产业案中，就涉及《补贴与反补贴措施协定》、《与贸易有关的投资措施协定》和《与贸易有关的知识产权协定》等。[8]如果两个协定都有特殊规定并且相抵触，则当事双方应进行协商，确定适用于本案的规则和程序。如果双方在自专家组设立后20日内达不成协议，则任何一方都可以请求DSB主席确定规则和程序，而DSB主席经与当事方磋商，必须在接到请求后10日内完成这项任务。DSB主席遵循的原则是，尽可能使用特殊或补充规则，而本谅解的规则和程序只应在没有抵触的情况下使用。因此，DSB主席应尽量使用现有规则，而不是另创一套新规则。