3、违反法定程序取得的证据。行政主体不遵守法定的步骤、顺序、方式和时限对证据进行收集、审查和采纳，即作为事实认定的证据，如果发现后，在作出具体行政行为之前又未采取法定的补救措施或重新通过合法程序取得，对认定事实产生严重影响的证据，亦不能采信。
4、采取非法职权取得的证据。行政主体违反法律规定采取的手段、方法和措施所取得的证据，比如对行政相对人采取逼供诱供、违法羁押或胁迫手段获得的证人证言，即使其证据具有客观性和关联性，但由于是利用职权非法获取的证据，也不能采信。
（二）行政主体在行政过程中举证责任违法分配
首先举证责任应依据法律规定。这里的法律既包括狭义的法律，也包括广义的法律即法律精神和原则。根据现有法律规定分析，立法对举证责任的分配，常由实体法根据事实要件予以明确，通常表现为除非有例外规定，程序的发动人员负有举证责任。
其次由行政主体依合理原则分配。行政程序举证责任的分配可参照刑事诉讼和民事诉讼两大诉讼举证责任分配规则及其精神，在不违背公平、显失情理的条件下，合理分配举证责任。
最后应该有利于相对人。行政程序确定的职权调查主义原则使行政法律关系中行政主体一方拥有特别地位，对此，行政相对人完成法定举证之外的举证责任在无法律明确规定，依照经验又无法合理分配时，宜采取有利于相对人，即由行政主体一方负担举证责任为解决办法。
行政诉讼中，对于举证责任违法分配的、显失公平、不利于行政相对人的举证责任分配，经法院查证后应不予采信。
（三）行政主体认定事实时推定或认知违法
1、行政主体作出行政行为时除运用证据外，也运用推定获得事实结论。行政推定是在行政领域根据某一事实的存在作出另一与之相关事实存在与否的假定。正确运用推定，既可提高行政效率，也可公正分担举证责任，缓解某些事实证明上的困难。行政推定可分为法律上的推定和事实上的推定两大类。法律上的推定是指法律规定的从已知的事实推论出未知事实或不依赖某种基础性事实即推理出另一事实存在的过程。事实上推定是行政机关工作人员根据已确认的事实，依照经验和科学知识的推断。其既要合法也要合理，如果据以作为事实认定的行政推定违背了法律的直接规定、法律精神、科学原理或社会公认的经验规则，其行政推定为违法推定。
2、行政认知是行政主体在作出行政行为过程中以一定形式直接认定某种事实的真实性，并据此作为事实认定基础的过程。但这种认知过程不能以强调提高行政效率、节约行政成本而影响当事人的举证责任分配。行政主体在行政认知上，如果对非属无合理争议的事实或让相对人对应该行政认知的事实进行举证即属违法认知。
三、行政诉讼取证和举证期限
行政诉讼中的取证和举证是两个既有联系又有区别的概念。其联系是，取证是前提，举证则是取证的目的所在。其区别是，取证是在行政诉讼中，作为被告的行政机关对行政相对人而言的，是在行政诉讼之前行政机关在其作出具体行政行为时的作为；而举证则是被告行政机关对法院而言的，是在作出具体行政行为之后，特定在行政诉讼过程中的作为。行政诉讼中的取证和举证对审理结果具有决定性的作用，而对取证和举证的期限作出规定是关键。在行政诉讼中规定取证和举证的期限，其意义还在于防止诉讼活动的拖延，又可及早确定案件的事实和性质，实现行政效率和司法效益的统一。
（一）行政诉讼取证期限
1、行政诉讼法第三十三条规定：“在诉讼过程中，被告不得自行向原告和证人收集证据。”这一规定，仅规定在诉讼过程中。而被告在作出具体行政行为之后，又得知原告将要提起诉讼之前，是否可以收集证据，法律出现了疏漏。
1991年的《意见》未作解释。 1999年的《解释》已经明确，其第 26条第二款规定：“被告应当在收到起诉状副本之日起 10日内提交答辩状，并提供作出具体行政行为时的证据、依据，被告不提供或者无正当理由逾期提供的，应当认定该具体行为没有证据、依据。”这一规定明确地阻断了被告在作出具体行政行为之后，在提起诉讼以前的取证行为，也就是取证的期限只能是作出具体行政行为之前。