（四）财政补偿的标准
关于财政补偿的标准，目前除《土地管理法》、《蓄滞洪区运用补偿暂行办法》对此作出规定外，未见其他规定。例如《蓄滞洪区运用补偿暂行办法》第12条规定：“蓄滞洪区运用后，按照下列标准给予补偿：（一）农作物、专业养殖和经济林，分别按照蓄滞洪前三年平均年产值的50-70％、40-50％、40-50％补偿，具体补偿标准由蓄滞洪区所在地的省级人民政府根据蓄滞洪后的实际水毁情况在上述规定的幅度内确定。（二）住房，按照水毁损失的70％补偿。(三)家庭农业生产机械和役畜以及家庭主要耐用消费品，按照水毁损失的50％补偿。但是，家庭农业生产机械和役畜以及家庭主要耐用消费品的登记总价值在2000元以下的，按照水毁损失的100％补偿；水毁损失超过2000元不足4000元的，按照2000元补偿。” 在学界，还有的认为，应予补偿的损害范围不仅应当包括直接损失，还应当包括一定范围的间接损失；不仅应当包括物质损失，也应当包括精神损失。
从上述《办法》的规定来看，一是只补偿直接经济损失，间接损失不赔；二是部分补偿且采用最低标准。虽然补偿不同于赔偿，不能完全适用完全补偿原则，但补偿标准显然过低，受损者例如蓄滞洪区的受损者的利益难以得到有效保障。与此同时，间接损失不予补偿的做法也不尽合适，例如对蓄滞洪区的受损者而言，不仅遭受直接经济损失，而更为重要的是其发展权也因此丧失殆尽。对此不予以补偿，对他们来说，是不公平的。我们认为，财政补偿不仅应补偿受损者的直接经济损失，而且还应当考虑其间接损失。至于精神损失，我们认为，不应当纳入补偿的范围。第一，财政补偿不同于民事赔偿，所以不能适用一般民事赔偿的规则而对精神损害予以赔偿；第二，对精神损失予以补偿，与我国经济发展的水平不相吻合，也会令各级财政难以为继。
五、财政补偿的程序
财政补偿依照法定程序进行，不仅是财政补偿法定性的要求，也是财政补偿规范有序进行并防止随意性的重要保障。目前我国以单行法律、法规方式确立损害补偿的不少，但在这些法律、法规中规定损害补偿的具体程序和救济途径的却不多。只是在《土地管理法实施条例》第18条中规定了国家建设用地的审批程序中有征用土地的补偿的行政程序，即“由县级以上地方人民政府土地管理部门组织建设单位与被征地单位以及有关单位依法商定征用土地的补偿、安置方案，报县级以上人民政府批准”。 鉴此，确立完善的财政补偿程序就成为财政补偿机制不可或缺的一个重要组成部分。由于受损者受损原因较为复杂，因此补偿的程序也不可能是固定不变的。我们认为，财政补偿程序大体可以分为行政和司法这两个方面。
（一）行政程序
根据财政补偿是否基于申请人的申请而启动，财政补偿的行政程序可以进一步分为主动补偿程序和申请补偿程序。
一是主动补偿程序。在某些情况下，补偿可依政府积极行为而启动。亦即在发生洪水灾害、公共危机等突发性事件的情况下，为了使受损者的损失及时得到弥补，政府往往可以依职权主动决定补偿，如这次禽流感事件发生后政府给予受损农民的补偿。主动补偿程序包括以下几个步骤:（1）发出补偿通知；（2）单方做出补偿决定或与被补偿人达成补偿协议。
二是申请补偿程序。申请补偿程序包括:（1）申请。即由受损者在法定期限内以书面的方式向补偿义务机关提出补偿请求，包括补偿的事实、理由、标准等；（2）审查。即补偿义务机关收到申请后对受损者是否受损、损失大小以及是否应予补偿进行审查；（3）协商。即补偿义务机关决定予以补偿并通知申请人之后，应与申请人就补偿的方式、标准进行协商，以达成补偿协议；（4）达成协议或作出补偿或不补偿的决定。
（二）司法程序
受损者对补偿义务机关作出不予补偿的决定或单方面作出的补偿决定不服的，即可向作出补偿决定的上一级政府提起行政复议或者人民法院提起行政补偿诉讼。这是法律给予受损者的司法救济。考虑到财政补偿的及时原则，我们认为，不应当将行政复议作为前置程序加以设置，否则有可能为受损者的权利救济设置不必要的障碍。