二是应该补偿的没有规定，导致受损者利益得不到补偿或出现补偿的随意性。例如《环境保护法》未对因生态环境保护而退耕还林、退耕还湖的作出补偿规定；又比如《动物防疫法》未规定因国家实行强制灭杀而致损失的补偿。
三是补偿的主体、原则、方式、程序等缺乏法律规定。在公共危机、洪水灾害等发生后，对因维护社会公共利益、国家利益而致损害的，应当由谁补偿，又按照什么原则、方式、程序补偿，目前并无法律规定。例如，《防洪法》强调了有关人民政府做好救灾事宜的责职所系，强调了重点水利防洪工程由中央财政支付修复或重建资金，但对于因承担分洪任务而作出重大牺牲的农民群众的财产损失的补偿（包括补偿的范围、内容与标准以及由谁出资赔偿）问题，现行《防洪法》的相关法条是缺席的。如就补偿的主体而言，从实践来看，有的是由中央财政补偿，有的是由中央和地方财政共同补偿，也有的是由地方财政来补偿。而有的应当由中央财政补偿的却由地方财政承担，我国《野生动物保护法》第14条规定：“因保护国家和地方重点保护野生动物，造成农作物或者其它损失的，由当地政府给予补偿”。值得一提的是，我国绝大多数自然保护区和天然林保护区都位于经济比较落后、人民群众生活贫困的地区，地方财力十分有限，让财力捉襟见肘的地方政府来承担对受害、受损农户的补偿和扶持发展责任，自然也就很难落实。与此同时，有些受益地区却未为此承担任何代价，这显然不合乎公平原则。就补偿的标准而言，则因各地财力不同而有较大差异。例如，广西对高致病性禽流感疫区三公里范围扑杀家禽的损失给予补偿的标准为：每只鸡补偿25元，每只鸭补偿15元。而湖北每只鸡补偿15元，每只鸭补偿18元，每只鹅补偿20元，每只鸽子补偿5元。而有的地方补偿则较低，在云南省，被捕杀的鸡苗0.5—1元，中鸡3－5元，大鸡补助8－10元。
四是有些规定不尽合理，未能体现对灾民或受损方利益的有效保护。补偿不足，是目前存在的主要问题。例如，近十年来，随着各种类型、不同级别的自然保护区不断增多，保护措施日趋完善，西双版纳傣族自治州境内亚洲象、野牛、野猪、黑熊等野生动物得到有效保护，数量增加。但这些动物伤人损物的事件随之频繁发生，特别是近几年来频繁、大规模发生的亚洲象肇事，令人触目惊心。这些肇事者成群结队，肆无忌惮地闯入村庄，吃光田地里的庄稼，毁坏即将开割的胶园，村庄一片狼藉，庄稼绝收。据统计，1991年至2002年，全州由于亚洲象、野牛、野猪、黑熊、猴等野生保护动物肇事累计损失粮食5897万多斤，甘蔗35834吨，经济作物（主要是橡胶）181万多株，牲畜4337头，人员伤亡75人（死15人，伤60人），直接经济损失高达8937万多元。其中2002年一年间，全州有34个乡镇、158个村民委员会、775个村民小组、16547户家庭受灾，直接经济损失达2379万多元，为历年受灾之最。从1991年至2001年，当地林业部门共向受害群众支付各种补偿费624万元，相当于受害群众实际损失的9.51％；2002年共支付各种补偿费102万元，仅相当于受害群众实际损失的4.29％。 又比如，现行政策规定，农民退耕1亩（0.067hm2）坡耕地，国家每年补助100公斤原粮，补助期为5年（虽然中央有更长期的考虑，讲过“5年不行8年，8年不行10年”，但作为地方政府，在中央没有明文规定出更长的期限时，目前只能按5年向群众进行宣传）。从目前的宣传动员情况来看，农民感到由于退耕还林而造成的利益损失在两个方面不能得到充分的补偿。一是相对目前的土地收益而言100公斤的粮食补助偏少；二是对5年之后的生活保障普遍感到担忧。
五是补偿的随意性、非长效性。也正是由于我国制定有关补偿的法律规范，未就补偿的原则、标准、方式、程序作出规定，使得某些能否得到补偿、得到多少补偿均具有不确定性。有的补偿例如对因禽流感而遭捕杀的补偿成为特殊情况下的“特殊处理”，多少有点“法外施恩”的味道，还缺乏作为市场经济条件下必不可少的利益平衡、利益维护、民众权益保障的长效机制。