在制度的设计中，要着重两个方面的建设，一是决策机制，二是监督机制。与基金使用相关的一切决策必须科学、民主、透明。要成立区际基金管理委员会，负责召集区域内各地区相关的政府官员、专家学者和当地原住民群众代表，对区域内重大环保工程或项目共同进行可行性论证，并联合审查该项目是否符合申请使用区域生态基金的条件。委员会的重要职责还包括：聘请有资质的中介环评机构对绿色项目作环境影响评价，公开招标选择区域生态基金的开户银行，制定严格、规范的基金缴纳、使用和绩效评价制度，建立顺畅的区域环境合作对话机制和信息系统机制，通过公开招标选择对绿色项目进行产业化经营的公司等等。监督方面，对每一笔基金的拨付使用要聘请第三方专业机构进行审计，重点审计基金的实际用途是否与申请用途相符，资金的使用效率如何，绿色项目产生的生态效益、社会效益是否达到预期等。必须建立严格的责任追究制度，在区际生态转移支付基金的运作过程中，哪个环节出现问题，该谁负责，负什么责任，如何惩治，由谁来执行，谁来监督等等，这些都必须做出明确的规定。
三、进一步的说明和其他配套措施
就目前阶段而言，生态转移支付制度主要是生态关系紧密的区域（或流域）内经济发达地区向欠发达或贫困地区转移一定的财政资金，用以补偿后者因提供生态服务而产生的效益外溢损失及发展机会不均等所造成的机会成本。但建立基于生态补偿的横向转移支付制度，并不是要否定通过中央财政纵向转移财力来实现生态补偿的重要作用，只不过二者的分工不同，操作方式不同而已。前者是以区域生态转移支付基金的模式进行运作，用于区域性生态服务的补偿，而后者则是采用专项补助的方式，对全国属性的生态服务进行补偿，比如西部地区的退耕还林（草）、防沙治沙工程等等。当然，如果实行区际生态基金的区域内有国家级的生态保护工程，中央政府也应往生态基金中拨付一定的财政资金作为管护费用的补偿。
生态转移支付制度是一项全新的事物，几乎没有现成的经验可循，而且它牵涉不同的行政管辖区，不同级次的财政，各地方的经济、生态环境禀赋又大不相同，因此这项制度的推广，不但要求在中观层面上特定区域内的各地方政府达成共识、联合行动，还需要中央政府在宏观层面上进行必要的协调和提供配套的制度支撑。
第一、宏观层面上，应采用更科学的政绩评价和考核制度来评价和任用地方干部。
1、用绿色GDP来补充和修正现行的GDP核算制度。
GDP核算法不能全面反映一个国家或地区的真实经济情况，因为它没有将环境和生态因素纳入其中。绿色GDP是对GDP指标的一种调整，是扣除环境污染的损失和保护环境资源的支出后的国内生产总值。2005年，我国北京、辽宁等10个省市开展了绿色GDP核算试点工作，在总结经验教训的基础上，应尽快将其推广到全国。实行绿色GDP国民经济核算体系，一方面有利于约束一些地方干部只重经济增长数量、不顾经济发展质量的急功近利行为；另一方面，也有助于形成自然资源和环境价值的衡量标准。对实现区际生态支付基金的区域来说，在计算从财政资金向生态基金的拨付数额时，就有了明确的生态产值的计量依据，便于操作。
2、不同类型的区域采用不同的政绩评价标准。
近几年国家环保总局在科学研部门的配合下，完成了全国生态功能区划分，在此基础上，中央要求各地的经济发展和规划应当与生态功能区划相吻合。既然不同地区的生态功能不同，经济定位也随之不同，那么，对地方官员的政绩考核的重点当然也应该有所不同。对那些生态环境脆弱，又具有特殊生态功能和自然、文化遗产价值的贫困地区来说，地方政府的最主要职责是保护好当地的主要生态功能，因此，对其的政绩评价应以此为主要考核指标，经济方面的各项指标则可适当予以“豁免”。
第二、中观层面上，生态关系密切的特定区域内贫困地区与经济发达地区之间要开展多种形式的环境合作和生态补偿，以完善生态补偿机制。