（三）国有银行在治理结构上存在的缺陷
在比较了当前国际经济界主要的治理结构模式、并由此归结出有效的治理结构的特征后，反观国有银行治理结构的现状，我们可以比较清晰地看出国有银行在治理结构上存在的一系列缺陷。目前，这些缺陷已经越来越显著地影响到国有银行的经营效率和市场竞争力的提高。
首先，如同所有国有企业一样，国有银行的产权主体是虚置的。这个问题可以说是传统的国有产权制度一直未能真正解决的一个问题，具体而言，就是应该由谁完全代表国家作为国有财产的真正所有者行使国家财产的所有权，并真正承担起国家财产所有权的所有者责任；由谁在获得了国家财产所有权所相对应的收益的同时，承担起国家财产所有权所可能相对应的损失。在目前为止，还没有一个人格化的产权主体象真正的财产所有者那样，既有巨大的内在动力，又有巨大的内在压力来关心国家财产权的所有者收益，任何表层化的国有企业改革和国有银行的改革到目前为止还不能从根本上解决国有企业的产权虚置问题。从国有银行治理结构的角度看，产权虚置直接导致了国有银行治理结构有效性的低下。因为国有银行缺乏一个人格化的产权主体来行使完整意义上的所有权，就难以有足够的激励根据市场化盈利经营的要求进行合格的经理层的选择和监督，也就难以建立对经理层的有效的激励与约束机制；由于缺乏一个人格化的产权主体，经理层必然获得事实上的对国有银行庞大资源的支配权，形"内部人控制"的格局；同时，政府也可以十分方便地以行政干预等非市场化、非透明地方式影响银行的经营行为。
其次，国有银行对于代理人（不同层次的经营机构中的经理人员）的选择由于缺乏人格化的产权主体，而基本上采用行政化的干部考核运用制度。在代理人的选择过程中，由于缺乏足够的市场激励和约束，并不能保障国有产权在国有银行内部的代表有足够的激励去选择好的经理层、解雇差的经理及监督经理的表现。由于经理层的选择是由所有者代表按照自身确定的标准进行的，因而，如果国家对国有银行经理层、以及国有银行上级行对于下级分支机构确定的代理人选择目标不是以盈利和经营业绩为主要导向的，那么，由此决定的国有银行经理层的选择和运用必然是非市场化的、低效率的。
第三，国有银行内部的权利配置结构中，剩余索取权和剩余控制权在很大程度上是错位的，在当前国有银行的激励约束机制下，主要表现在国有银行内部拥有剩余控制权（也就是对国有银行资源使用的投票权、支配权、决策权）的经理层基本上没有剩余索取权，于是，国有银行内部不同层次的经理层掌握的剩余控制权就成为企业理论中所界定的"廉价投票权"。国有银行内部"廉价投票权"比较普遍的存在，使所有者对于经理层、上级经理层对下级经理层的控制效率难以明显提高，也可能使不称职的经理层更易于在这种治理结构的牟取生存空间。
第四，国有银行经理层的收入水平基本上是事前固定的，与业绩水平的相关程度并不明显。由于经理层无需承担企业的经营风险，则很难保证在这种激励机制下经理层会努力工作。由于国有银行没有上市的股票价格可供参考，因而即使要在一定程度上根据业绩水平确定经理层的收入，也很难寻找到一个有效的指标。
第五，国有银行的代理人的经营自主权在不同领域存在较大差异。从总体上说，国有银行的经理层作为内部人，事实上控制了国有银行的主要资源，但是由于国家作为所有者对于国有银行经理层经营管理状况的而担忧，国家不同部门经常以不同方式对银行的经营行为进行影响，因而在国有银行代理人的经营自主权方面存在相当大的灰色地带和回旋的余地，人为调整的空间相对比较大。
第六，国有银行在股权结构方面的问题，首先应当是推进股权的适度多元化的问题，通过股权的多元化促进产权边界的清晰、引入有丰富管理经营的战略机构投资者。
第七，国有银行的治理结构还比较缺乏对银行经营状况变动的开放性和适应性。首先，国家不同部门对于银行的经营分别采取了一系列控制措施，这些控制措施并不会随银行经营状况的变动而明显变化。其次，由于近年来银行业经营管理方面的问题逐步暴露，在基本上没有对产权结构进行大幅调整的前提下，政府基本上采用的是加强监控的措施，如派出监事会等等，这种强化监控的措施一般都是单向的，是试图通过监事会代表国家作为外部人对国有银行的经营进行监控。其间的一个制度性问题是，监事会等外部派驻机构同样存在一个建立合理的激励约束机制的问题，即如何设计一套适当的适度安排，使这些代表国家的个人有足够的激励站在国家的利益角度动态地对国有银行的经营行为进行监控，并提出改进措施。