当然，知识分子阶层的变化还是很大的。这可以从几个方面观察到。首先，士农工商的社会等级结构发生了一定的动摇，特别是“士”与“商”的位置发生了极大变化。薛福成、郑观应等人已经意识到中国与西方的强弱起因于“中国以农立国”而“外洋以商立国”。士农工商是农耕经济的产物，它已经不适应于现代工商业社会。经商已经成为实现“救亡图存”“经世济民”抱负的重要途径（2）；其次，“工”的社会地位也发生了很大的变化，民族的危机引发了“实业救国”的浪潮，近代的企业与企业家阶层也开始登上历史舞台。这对于转变观念当然具有相当大的影响。正如有学者指出的，“这些曾获传统社会最高科举功名的士大夫从事一向被目为‘贱也’的工商业，由视工商为‘末务’向重视工商社会风气明显转变的一个确切标志。”这也标志着“那个时期中国社会价值观的一个重大的变化”，“标志中国已经开始接受以财富确立人的社会身份这一观念。”（1）；第三，教育体制的变化。教育是培养知识分子的大本营。中国传统的考试制度规定考试的内容为培养儒家的“君子”型人才而设，具有浓厚的人文伦理气息与道德教育色彩，它的功能是培养以德为主的通才而非以专业知识为主的专才，中国的体制所要求于官员的是为庶民树立道德榜样，故而金耀基先生说：“中国官僚治体具有很深的学术底性格，而此学术底性格则是以展现全幅的人文性格为主，重在圆通之知识，而不在一技之专长。”（2）到了近代，许多有识之士认识到教育内容必须改革，改革的具体内容则主要是加入自然科学知识的教育。从1860年代开始，出现了新式学堂，而科举制度则由衰而亡（正式取消于1905年9月2日）。据统计，从1862年到1904年间，建立的新式学堂有40多个（3）这些学堂的课程中虽然保留了传统的人文科学（经义之学），但是新增加了大量的自然科学与社会科学的内容。“各种学堂都开设了外语和近代自然科学技术课程，注意传播科技知识。……这样，近代西方的数理化、天文地理生物学等基础自然科学的知识，以及开矿、冶金、筑铁路、电报、造船、制军械等方面的工程技术知识，就都初步进入了中国。”（4）这当然不能不对知识分子的知识结构以及知识分子的内部分化以及其等级关系发生重大的影响。总之，由于形势的需要，洋务以后中国的自然科学知识总的说来还是受到了前所未有的重视，自然科学人才也有了前所未有的发展与增长。
但是，我们似乎依然不能断言在近代，人文知识与人文知识分子的中心地位已经科技知识与科技知识分子所取代。首先值得一提的是，由于当时需要兼顾中学与西学、道德伦理与科学技术，故而出现了一些新的混合型的精英，亦即合政治精英（官僚）、知识精英（学者）、企业精英于一身的社会阶层，如曾国藩、李鸿章、弈 、文祥、张之洞等，这与中国传统的官僚、地主、士人三位一体的精英模式是有所不同的。他们作为19世纪后期洋务运动的领袖，领导了中国早期的现代化。他们一般是“中体西用”拥护者，虽然主张学习西方的军事、机械工业，用以“自强”；但同时维护中国的伦理道德，用以“立国”。李鸿章在60年代的时候就认为，只要学习西方的军事技术即可强国，到70年代则认识到还要学习机械（但是即使这种对于自然科学以及经济外交的相当有限的重视，也常常受到保守派的抵制，并且连提倡者也自觉地把它限制在相当可怜的范围之内）。这样，我们似乎不能把这些精英简单地归入科技知识分子或技术官僚；其次，虽然商业、商人以及企业家的地位在近代有所提高，出现了精英结构的变迁中一个值得关注的现象：在19世纪的后30年，产生了一种新的社会阶层，即“绅商”。 “一批开拓之士由此弃仕从商，‘士’、‘商’的界限已不那么分明了。”（5）这也就是所谓“士”与“商”之间距离的缩短或角色的混合。但是，这些所谓“绅/士商”顾名思义是从原来的人文知识精英兼政治精英（绅士阶层）转化为经济或商业精英。如孙家鼐是咸丰甲午科状元、陆润庠是同治甲子科状元，张謇为光绪甲午科状元。（6）据研究，“在早期近代民族资本企业中，由封建绅士分化出来的资本家居于重要地位。”各省商务局大多由这些原先的“状元”、“进士”、现在的商业或企业精英担任。（1）这与今天的商业/企业精英绝大多数从科技精英（理工科大学生研究生及研究人员）转化而来，或由科技精英兼任恰成鲜明的对比。