3、控制环节的相互影响。组织中的每个成员分布在流程中相互连接的不同环节，各个控制点正在进行的活动不是孤立的，其控制效果既受以往完成的活动状况的影响，也对将来状态及效果产生影响。如果控制过程过分追求责任控制，使每个组织成员只关心自己行为的直接后果而无视处于流程中的下一控制环节所带来的连带效应，必然导致组织内部不协调，增加不必要的管理损耗。因此，现代内部控制在立足未来、改善现状的同时，必须考虑整体效果并树立系统观念。
4、业绩衡量的模糊性。业绩是控制的结果体现，对业绩的正确衡量有利于判断控制的效果以及指明未来改善的方向。组织中一般通过设定指标来进行业绩衡量。判断所设定指标对特定主体是否可控，美国管理会计学界曾提出三条标准，即指标可衡量性、主体可知性和可影响性。但实践中，即使设定了符合需要的指标，也很难对业绩进行准确恰当的衡量。主要有三个方面的原因：首先，在执行组织目标、预算的过程中存在着各种不确定性；其次，对于规模庞大、结构复杂的组织来说，很难明确区分单个部门或个人对业绩的贡献程度；另外，控制环节的相互影响也使某一环节对组织目标实现的影响程度很难界定。可以说，组织中难以自上而下形成强有力的自我控制意识与业绩衡量的模糊性有着相当大的关系。所以，恰当解决业绩衡量的模糊性问题是促进组织控制文化形成的关键。
5、信息系统建设。传统的内部控制系统强调权力的制衡，而忽视信息系统的建设。但正如COSO报告《内部控制整体框架》（1992）中指出的，信息与沟通是内部控制要素的重要组成部分，相当于组织内部控制有效运行的神经中枢系统。管理基于信息，控制也要基于信息。当基于信息的系统用于保持或改变组织的活动模式时就成为控制系统。信息的集成、传递的滞后会导致事前因实际后果未知而无法控制；事中因无法获得实时信息而无力控制；事后缺少反馈信息而无可控制。信息技术的高速发展与广泛应用给内部控制带来了新的挑战与机遇。信息技术与业务活动的有效结合，使获取实时信息成为可能，有助于强化事前控制与事中控制，提高组织的快速反应能力。因此，信息系统的建设是现代内部控制体系建设中的重要课题。美国信息系统审计与控制协会（ISACA）发布的COBIT是目前较为全面的内部控制规范，它认为一个完整的内部控制框架包括公司层次的控制（company level control）、交易层次的控制（transactional level control）、IT基础的控制（general computer control）三个部分。
6、控制语言的可理解性。内部控制系统应当是组织内每个成员都能理解的“标准语言”。组织成员对内部控制的充分理解和准确执行可以确保组织内部控制的运行有效。组织应培养员工对内部控制的理解能力，以减少控制执行过程中在优化行为方面产生的分歧。
三、内部控制的新视点
对于以上问题，我国有关学者围绕内部控制系统的运行机制、内部控制系统的构建等内容提出了一些新的观点，并进行了有益的探索。
谷祺、张相洲（2003）提出的内部控制的三维系统观认为，内部控制是由制度、市场、文化三个维度构成的有机系统，制度控制、市场控制、文化控制是企业内部控制系统的三种典型控制机制，而企业实际运行的内部控制系统则是以制度、市场、文化为维度的三角形平面区域中的一个点，是制度控制、市场控制、文化控制三种机制的有机结合。内部控制的三维系统观认为，制度控制是内部控制系统的基础，同时强调文化控制对组织战略目标实现具有重要作用。
杨有红、胡燕（2004）指出，内部控制系统局限性的克服不仅依靠系统本身的完善，还依赖于公司治理与内部控制两者间的有效对接。
还有其他一些学者从经济学、管理学的角度开拓内部控制研究的新视野。思路与途径虽有所不同，但有一点是共同的，即现代内部控制虽然仍以权力制衡为出发点，但突破了“纠错防弊、保障生存”的局限，向着“改善现状、关注发展”的方向迈进，以促进不断革新的有机组织自我调整、自我优化、持续发展。