一是沉默权制度与犯罪率居高不下之间矛盾。多年来，中国的犯罪情况一直呈复杂形态，犯罪率居高不下，而且这可能是中国社会转型时期长期存在的现实。同时，由于受经济基础相对落后等因素的影响，国家投入诉讼的成本有限，致使侦查资源非常有限，这不仅是警力的缺乏，更重要的是科技含量、物质条件以及民警素质等方面的严重不足。目前情况下，侦查人员尚可在一定程度上依赖口供破案，一旦确立沉默权制度，如何面对众多的刑事犯罪案件。这也是当前一部分学者和司法工作者反对确立沉默权制度的重要因素。但我们应该看到，沉默权的确立将迫使侦查机关收集口供以外的证据，在一定程度上的确对装备条件、技术手段、侦查策略、侦查人员的素质提出更高的要求，就这一困难而言，侦查破案的难度和诉讼成本显然是要增加的，但这种增加相对于保障犯罪嫌疑人和被告人的人权而言，是—个承诺实行民主宪政的政府应当予以保障的。中国现行制度下强制犯罪嫌疑人和被告人供述的侦查模式，虽然物质成本不高，但却是牺牲相当一部分人的人格尊严为代价的，这种做法与正走向法治化的社会主义国家来说，是背道而驰的。针对困难，可在确立我国沉默权制度时考虑如下应对措施：(1)通过立法确立技术侦查手段，对使用监听、侦控等技术手段的范围、条件、程序等作出规定，赋予侦查机关更为有效的侦查手段、并不断增加经费投入，提高侦查科技含量；(2)建立鼓励犯罪嫌疑人、被告人供述的机制，加大对于如实供述犯罪事实的嫌疑人在定罪量刑时的从宽力度，切实使那些愿意同侦查、起诉机关合作的犯罪嫌疑人、被告人得到相应的实惠；(3)对犯罪嫌疑人、被告人行使沉默权确定必要的限制。借鉴英国的推论规则，明确规定一定范围的犯罪，对这些犯罪的嫌疑人在侦查审讯期间针对特定问题拒绝回答或者保持沉默、而且在法庭审判中突然提出辩解的行为，允许检察官在法庭上发表评论，允许审判官从中作出不利于被告人的推论。但是，对这些例外的规定必须事先经过侦查、审判实务的充分调查，而且必须有不生歧义的可操作性。
二是中国刑事案件中律师相对较弱的辩护功能与行使沉默权之间的矛盾。沉默权制度是建立在律师对于刑事诉讼高度参与的基础之上的。而中国的情况是律师参与辩的刑事案件不到法院审判的全部刑事案件的百分之三十。在这种情况下，如果犯罪嫌疑人和被告人行使沉默权，怎样保护其正当权益?特别是依据刑事诉讼法规定，法院原则上不再进行庭外调查取证，裁判的依据基本上是控辩双方当庭提出和辩论的证据，如果没有辩护人参与，被告人实际上无法保持沉默，而必须为自己进行辩护，否则法院将很难作出公正的判决。同时，犯罪嫌疑人、被告人在决定是否行使沉默权时往往需要事先听取律师的意见，律师参与刑事诉讼对沉默权制度的意义不仅在于犯罪嫌疑人和被告人在行使沉默权时维护其合法权益，还在于对犯罪嫌疑人、被告人提供及时的法律帮助，让其明白程序上的权利以及放弃这些权利的后果，并且使其对于沉默权的放弃或者行使真正具有明智性和自愿性。因此保障犯罪嫌疑人、被告人获得律师的有效帮助，对于建立沉默权制度的至关重要。鉴于此，可以扩大我国指定辩护的适用范围，规定必须给没有委托辩护人、又确实需要法律援助的被告人指定辩护人，以便被告人在律师的帮助下，自主的决定是否在诉讼中保持沉默或者拒绝回答问题。
三是对抗制审判方式与证人不出庭作证之间的矛盾。沉默权制度确立后，犯罪嫌疑人和被告人的陈述以自愿为原则。审判程序将进一步趋向对抗化，对口供的依赖将会减少，对其他证据尤其是对证人证言的依赖将会增强，证据要求、规则也将更加严格。而中国传统的人证调查制度与沉默权制度相容性差，长期以来实行的取证制度，是嫌疑人有供述义务，而证人责任则十分松弛，尤其对法庭作证，民众普遍有一种畏证心理且缺乏法律义务感。因此，证人不出庭作证已成为严重的现实问题。这个问题如果得不到有效的解决，沉默权制度将无法实施。中国必须对现有的证人制度进行改革：建立强制证人出庭作证的法律制度以及相应的证人保护和作证补偿制度。如对依法负有作证义务的人拒不出庭作证或者拒绝作证的，法院有权以罚款、拘留甚至追究刑事责任等方法强制其作证；公安机关、检察院、法院有义务对证人及其家属提供必要的保护；对受到打击报复的证人，国家有义务给予经济和精神上的补偿等。