3.资源配置不合理
现在高等教育的资源配置主要还是计划手段，这种配置不能及时准确地反映社会、经济、市场和个人的需求。第一，条块分割，部门分割，资源不能合理配置和流动。第二，人为划定重点大学、重点学科，把有限的资源向少数重点大学、重点学科倾斜，这必将对大多数高等学校造成多方面的损害。名牌大学是在市场竞争中产生的，而不是政府培养出来的，往往是政府越培养，大学功能越退化。
4.缺乏长远规划
建国以来，我国高等教育始终缺乏符合社会经济发展需要、符合教育规律的长远规划，缺乏战略构想。高等教育决策大多是头痛医头、脚痛医脚，以短期行为居多。
（三）大学运行机制的缺陷
现行高等教育体制下形成的高等学校的运行机制，也存在着种种缺陷，从不同的方面影响着高等教育的发展。具体来说，存在以下问题：
1.高等学校机关化、行政化严重
高等学校首先是一个办学实体，它的主要功能就是提供高质量的教育产品，为社会和经济发展提供高质量的人力资源。学校的机构设置、管理运行、教育科研都要服从服务于这一点。但现在高等学校的运行机制是反向操作的，不仅教育主管部门把高等学校看成是自己的附属机构，而且高等学校本身也把自己看成是准官方机构、准行政机关。党委、政府所设置的部门，高等学校也大都存在。行政机构、行政人员是支配学校运行的核心和主角，学校的教学、科研和管理都按行政权力的意志来安排。
高等学校内部的运行方式也是行政化的。学校把政府的有关计划分解到学校的各个方面，然后用行政手段实行，各级部门也只能去执行、去完成计划和任务。
2.人事分配制度僵化
与高等学校行政化机制相配套的是僵化的人事分配制度。人员的进出，干部的上下，刚性十足。这种人事制度不是根据需要设计的，更不是根据高等教育市场化设计的。分配制度也同样不合理，工资、奖金的多少，只与每个人的职称职位相联系。有了相应的职称和职位，即便是工作没有业绩也不影响其收入，所以，大家拼命的是职称职位而不是工作。
3.管理的封闭性、保守性、经验性
高等学校的内部管理几十年来没有大的变化，形成了一个相当封闭的系统，这个系统很少与社会发生直接的联系，也很少接受外界的信息并对此做出反应，这与现代社会的开放性是背道而驰的。正是由于管理的封闭性才造成了管理的保守性、经验性，创新的思想和创新的尝试都会遇到极大的阻力，对制度创新有一种本能的排斥。
4.教育观念落后
对我国培养人才观念的落后陈旧，刘道玉先生曾有过一段比较典型的总结：“‘三型三性’，即封闭型、重复型、记忆型与专制性、权威性、统一性。很明显，它们与现代教育的开放型、创造型、思辨型与科学性、民主性、多样性的理念是相悖的。”“以教师为中心，以课堂为中心，以课本为中心的‘三中心’教育制度依然顽固地统治着今日的大学。”[3]在这种教育观念和教育模式之下，不可能培养出高质量的人才，更难以培养出创造性的人才。我们应该更多地借鉴教育发达国家的教育理念和培养人才的模式，对现有的大学培养人才机制进行全面的革新。
三、市场化——高等教育发展的必然选择
上述高等教育存在的种种问题在现有的高等教育体制下是无法得到根本解决的。不论是教育规模的扩大、教育质量的提升，还是高等教育效率与效益的提高，都需要一种新的体制和机制。
（一）高等教育市场化的客观要求
1.社会、经济发展需要大量的人力资源
社会、经济发展到今天已与传统社会完全不同了，各种先进技术，特别是信息技术，把世界各国紧密地联系在一起。在这样的社会中，人如果没有相当的知识、能力与素质准备，不但难以找到满意的工作，日常生活也会遇到种种麻烦。社会、经济发展的强大动力，推动高等教育从精英化走向大众化，走向普及化和终身教育。
高等教育不仅在规模上要有很大扩展，更重要的是培养人才的性质要有根本性的变化。大众化、普及化的高等教育是社会、市场的价值取向，是为受教育者将来的工作、生活做好准备，强调的是知识、技能和对社会的适应能力。