王国维学术研究有以下几个阶段的转折与变化，也可以说王一生有其"史学三变"的经历。以1907年为界，在此前主要是哲学研究。而主要是对康德、叔本华与尼采的介绍与研究。他叙述自己致力于西洋哲学研究情况说：西洋哲学研究开始于1901年春天，读汗德（Kant）（即康德）《纯理批评》（即《纯粹理性批评》写于1871年是康德的代表作），苦其不可解。接着读的是叔本华的书，大好之。结果一直到1904年的春天，皆与叔本华为伴，自称"与叔本华之书为伴侣之时代也"。他做《红楼梦评论》也全以叔本华观点为立脚点。后来他发现叔本华思想多阐发主观而少"客观的知识"，又回到对康德的研究。显见他思想最早还是康德与叔本华的结晶。
1903年至1906年是他哲学研究领域收获甚丰。1903年于通州师范学堂任教，时读叔本华与康德之书。是年撰有《哲学辨惑》、《叔本华像赞》、《汗德像赞》。并译有《西方论理学史要》。1904年有《尼采之教育观》、《叔本华之遗传说》、《康德之哲学说》、《叔本华之哲学及其教育学》、《书叔本华遗传说后》、《叔本华与尼采》。至1906年，三十岁时撰有《德国哲学大家汗德传》、《汗德之伦理学及宗教论》。这时写《红楼梦评论》（1904年）所用观点大抵叔本华思想。
需要说明的他这时将东西方哲学研究做紧密结合。在研究叔本华、尼采与康德同时，还将很大精力倾注于儒学、诸子乃至清儒思想的研究。
他在1904年28岁时著有《孔子之美育主义》、《国朝汉学派戴阮两家之哲学说》。1905年撰有《周秦诸子之名学》、《子思之学说》、《孟子之学说》、《荀子之学说》、1906年三十岁时又有《墨子之学说》、《老子之学说》、《原命》、《孟子之伦理思想之一斑》、《列子之学说》等。至1907年又著有《孔子之学说》，另有《辜氏汤生英译<中庸>后》。
他注意将中国哲学与西洋哲学做比较研究，而获独到心得。在他看来，中国哲学有"实际的倾向"，而此性质于中国北方之学派中尤见其显著。这是一种"生活主义"的哲学，是北方哲学的一大特点与宗旨。他强调理论哲学不适合中国人之个性，而中国人的个性"其彻头彻尾实际的也如是也"。
也就是这样的原因，中国的哲学家"无不欲兼为政治家者"。
1900年至1907是辛亥革命的思想与组织准备时期，中国的思想界处于动荡与变革中。一方面是西方学术传入中国，同时也对中国传统文化做反省与再思考。文化革命与文化建设的大工程已经启动，直至1919年的五四运动的爆发，达其高峰。对此王国维做出思想反应。这方面的文章有《就伦理学上之二元论》、《论近年之学术界》、《论新学语之输入》、《论哲学家及美术家之天职》、《论平凡之教育主义》、《教育小言十二则》、《奏定经学科大学文学科大学章程书后》。还著有《教育家之希尔列尔（即席勒）传》、《去毒篇（雅〈鸦〉片烟之根本治疗法及将来教育上之注意）》。参考干春松、孟彦弘编《王国维学术经典集》，江西人民出版社，1997年版。第512页，《王国维学术简谱》。
王国维的第二个学术阶段由哲学转向文学的研究。1907年他经罗振玉介绍得到学部尚书兼军机大臣荣禄的赏识，此后即任学部总务司行走，并任学部图书编译局编译。他在本年的6月发表《三十自序二》，论己学问已由哲学转向文学，兴趣所致，则主戏曲之研究。这个时期大体延续了4年左右。时间是1907年至1911年。不过这也是一个大致年代的推说，其实早在1906年他已有《屈原文学之精神》，表现了他的民族主义情怀。1906年他已集数年所填词(1904-1906年)61阙为《人间词甲稿》。1907年成《人间词乙稿》。《人间词话》是王重要研究成果。1908年他在《国粹学报》上刊出《人间词话》前21则。1909年中又于《国粹学报》第49期与第50期分别将《人间词话》刊完。直至1910年又将《人间词话》64则作修订，并加附记。王的文学研究直到1913年还余音犹在，并获得新的重要成果。这就是他在此年撰成功《宋元戏曲考》。