（二）人大组织存在结构性缺陷，这种组织结构上的缺陷可以说是存在于人大制度的每个环节。首先，人大代表数字庞大（近三千人），使得会议组织和会议讨论十分困难。不对人民代表大会实行结构性的改革，就无法有效地推进政治民主化。因为很显然，现行的人大结构下，代表人数太多，减少代表的数目是必然的。作为最高国家权力机关的全国人大，是实质性的工作机关，不是“象征”性的虚设机关，它所做出的决策具有权威性、强制性，关系到国家的前途和命运。因此全国人大代表名额的确定，必须便于开会，讨论问题和决定问题。［4］
认为代表多了，代表性就强了，这实在是一种误解。如果代表来开会只是为了代表，那这种代表性又有什么意义呢？因为他们的根本职责是“代议”而不是“代表”。现在的情况是“代表”妨碍了“代议”。出现了“代”而不“议”的情况。为增强人大常委会的在用，扩大委员人数也是必然的。一个减少，一个扩大，最合理的结果就是两者趋同，结合为一个所容许的合理的人员数字。这个数字大约是六百至八百人。
其次，在全体大会上只能听取一些政府官员的报告和有限的几个代表发言，大会的主要活动就是以地区为单位分组讨论。事实上分组会议往往讨论的是各地区的问题。这样不仅与与全国性会议的宗旨相矛盾，而且助长了地方主义。这倒不如由各省组织本级人大在当地进行讨论，把意见上报，何必要每年让几千人都集中到北京呢？而且在以省为单位的各个小组，避免不了各省的主要领导唱主角，而一般代表遭冷遇的状况，造成了人大代表之间的不平等。官僚行政机构中的等级制度被不应该地带到了人大会堂。 人大的会期太短。每年只能召开一次会议，会期只有十几天，这样会议根本就无法对国家的大政方针展开充分的讨论。每次开会，人大代表们根本没有充分的时间熟悉和研究议题，他们所能做的只是听听报告，举举手而已。这就使得人大会议成了十足的“清谈馆”。
第三，人大代表兼职不利于人大履行宪法赋予的监督职能。在人大代表当中有相当数量是现职的党政官员。这与宪法所规定的人大的职责存在着严重的冲突。宪法规定人大对政府进行监督，但政府官员本身又是人大代表，这样的人大如何监督政府？政府官员有必要出席人大会议，但不应是坐在代表席上，应该坐在被质询的席位上。所以，北京市著名人大代表吴青认为政府官员不能当人大代表。否则，变成了自己监督自己。为此，她还专门向北京市人大常委会提出“关于政府官员是执行者，不应再是监督者”的意见。
人大代表的兼职的另一个危害是人大代表根本没有足够的时间和精力去履行人大代表的职能。事实上，一个人大代表只能把本质工作放在第一位，而人大的工作反而成了一份“第二职业”。有的研究者指出，兼职代表制的困难首先是信息不足，缺乏足够的时间和能力去履行代表的职责。而且这种制度性结构本身妨碍了代表素质的提高。因为代表的选拔重先进性、代表性，缺乏择优机制。［5］
第四，人大的领导成员主要不是从人大自身的组织中产生，而是由退职的党政官员担任。这就形成了旧政府监督新政府的奇怪格局。由退职的政府官员充任人大领导职务，使得人大成为政治权力中最薄弱的一环。因为这些新的领导从别的岗位转到全国人大常委会工作，对人大的立法、监督等工作，都比较生疏，还得从头学起。等到他们熟悉过来，而他们的任期恐怕已经过半了。这样的人大，怎么可能有效地运转呢？
上面所列举的人大的结构性缺陷，十几年来，已经有许多学者大量的文章讨论过，本文只不过进一步归纳总结而已。这些缺陷充分表明人大制度需要结构性的改革。有学者深刻指出：“人大及其常委会自身的状况难以适应代表人民意志、行使国家权力的要求，在其组织机构、工作制度、选举制度、代表素质、与人民群众的联系等方面都存在着一系列问题。这些问题不加以改进和完善，各级人大及其常委会就很难真正承担起其国家权力机关的重任。”［6］