第二，在地方决策制度上，地方政府面临着制度短缺的压力。提升公共决策能力是地方政府创新的重要内容，但从当前情况来看，首先，在决策主体上，人民代表大会和政府的决策潜力尚未充分得到发挥，各级党政部门的政策研究机构权威地位不高，职能发挥不完全，研究政策少，充当秘书班子多。学术性和民间性的政策研究组织发育缓慢，数量少、功能弱，与行政和半行政性政策研究组织之间缺乏制度化的联系，未能充分参与到公共决策事务之中。在个别地方和部门，民间的政策研究组织及专家咨询往往只被当作政策论证的工具。①其次，在决策的民主性上，公民参与政府选择的渠道很少，政策议程的提出，主要不是来源于公民的政策诉求，而是来源于决策机构内部建立的制度性信息搜集系统。这就造成政策议题界定的偏差，政策方向的失误，大大制约了政策的有效执行。最后，在决策科学性上，决策常常发生“短视”行为，缺乏长远的计划“， 政绩工程”“、面子工程”，既败坏了政府形象，又浪费了大量的人力、物力和财力。
第三，在公共治理的方法和手段上，地方政府职能转型滞后于社会转型和体制转轨。一方面是市场的力量；另一方面是政府强化自身的行政力量，使二者之间的关系在某些特定领域进一步被扭曲，从而使公共治理面临新的挑战。需要指出的是，在中国市场化改革和市场经济体制建立的过程中，地方政府扮演了重要的角色，发挥了积极的作用。目前的管理，从组织架构、管理方式、运行机制等，与计划体制下相比，都发生了历史性的变化。但是，由于政府自身改革的艰难性，地方政府的治理方式和手段并没有得到实质性改变。政府依然保持着强大的干预力量，扮演着经济建设型政府的角色，把大量的公共财政资金投资于竞争性领域，忽视或者淡化政府的社会管理和公共服务，其结果是，政府过多干预导致市场和行政权之间的扭曲，引发政府行为的紊乱，助长权力行使的非理性和腐败的泛化和蔓延。在一些地方由于受到利益集团的影响使公共政策的天平发生了某种倾斜，从而激化了一些社会矛盾，引起民众对政府的不信任，使政府的公信力下降。
二、影响地方政府体制创新的制度因素
中国地方政府体制改革中出现的困境和问题，从根本上说，是传统行政向现代公共行政转型过程中存在着较为严重的制度缺陷。所谓制度缺陷是指政治制度和政治结构本身不完备而表现出与现实存在的差距。事实上，任何社会的制度及其结构都不是完美无缺的，总是存在着某种“先天”性的内在缺陷。这些缺陷在当代中国表现得尤为突出，直接影响着地方政府体制的创新。
第一，法律制度供给不足。地方政府的创新和变革是在既定的法律秩序下进行的，而现行的宪法和法律秩序却在中央政府与地方政府权限的划分上存在着诸多缺陷，表现为法律制度供给的不足。我国的法律没有对中央政府与地方政府各自的职责范围做出明确规定“， 职权的划分不是以分工式为主，而是以总量分割式为主。”②除外交、国防等少数专属中央的权限外，地方政府拥有的权限和中央政府几乎是一致的、对等的，地方政府拥有的权限可以说是中央政府的翻版。同样，法律也没有对各级地方政府之间的权限划分做出明确规定。《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》对县级以上的地方各级政府的职权作了统一规定，但使人难以确切了解地方各级政府之间的权限划分。这种制度缺陷造成的后果就是，一方面，由于在法律上中央政府高于地方政府，地方政府从属于中央政府，受中央政府直接控制。中央政府可以以下放权力的方式，调动地方政府的积极性，当地方政府对中央权威构成挑战时，中央又可凭一纸文件收回下放的权力。地方自主权很难落到实处。另一方面，作为改革政策的实际执行者， 地方政府掌握着最直接的信息和统计资料， 并在目标函数上有着不同的构成， 如追求地方财政最大化， 扩大对地方资源的配置权力， 获得本地民众的支持等。在这种情况下， 地方政府便以机会主义态度参与中央设计的新制度， 出现“上有政策， 下有对策”的现象。因此，在实际操作中， 一些行政部门常常把上级下放的权力截留一部分， 明放暗不放； 或者表面上推行改革， 却将原来的管理部门变为“翻牌公司”； 或者以“拉郎配”的形式， 将下属企业组成企业集团等等。