金融经济学的历史发展经过了几个阶段，已存在了50年，主要包括HARRY·MARKOWITZ的均值一方差模型和现代组合理论(1952)、WILLIAM·SHARPE的资本资产定价模型(1963)、EUGENE·FAMA的有效市场假说(1970)和 BLACK—SCHOLES—MERTON的期权定价理论(1973)。在公司财务学方面，阶段性的代表是FRANCO·MODIGLIANI和 MERTON·MILLER的MM定理(1958年)，以及信启、经济学出现后，在公司财务理论方面的新发展：激励理论、示意理论和控制权理论。
这两方面理论的基础都是有效市场假说，它是主流金融理论的基石。其对主流金融理论的主要贡献一是理性人假设，它是分析的起点；二是套利方程，为套利行为的分析提供了最有效的分析方法和思路。
但有效市场假说在解释金融现象时遭遇了尴尬。一是 1987年10月19日华尔街股市的黑色星期一，因为按照有效市场假说，股票市场的任何波动都应该归因于新信息的发布，但在黑色星期一以前，并没有预示股价暴跌的新信息发布，那么为什么会出现20％的股价暴跌?二是红利之迷与套利理论：根据套利理论，红利和资本利得对投资者是没有区别的，但是纽约城市电力公司在取消红利支付时，却引起了股东的强烈不满，而在股票价格下跌时，股东对在资本利得方面的损失并没有表示如此强烈的不满，应如何解释?三是长期资本管理公司的破产与B-S模型。模型的创始人是长期资本管理公司的董事，但公司却破产了。