（二）自行申报的起点过低
《办法》规定对年所得12万元以上的纳税人应自行向税务机关申报纳税，申报的起点12万元过低，可能加大税务机关的工作量，也给公民个人造成一些不便。笔者认为，这个起点可以再提高一些。这是因为，我国征收个税是以个人为单位而不是以家庭为单位征收的，假如一个家庭，其余成员都没有工作，只有一个人工作，即使他年薪在12万元以上，生活可能依然是非常窘迫的。反之，假如一个家庭每个人都工作，每个人的收入都接近但不到12万元，他们不用申报，但是，他们的家庭收入总和可能是多个12万元。
因此，在许多发达国家，个税主要是以家庭为单位征收的。比如美国，常规个人所得税共有5种申报状态，即单身申报、夫妻联合申报、丧偶家庭申报、夫妻单独申报及户主申报。纳税人根据各自的不同情况，把各种不同来源的收入总和按照规定作出扣除，扣除内容的选择和标准设计得相当细致，考虑到了每个人、每个家庭的具体情况。例如，同样收入的两对夫妇，有孩子和没有孩子所缴纳的税收相差就很大。
提高个税申报的起点，有利于减轻税务机关的工作强度，可以使税务机关把主要精力放在逃税的富人身上。实际上，世界上凡是征收个税的国家，基本上都是以富人为纳税主体，而我国却是以工薪阶层为纳税主体。相对而言，工薪阶层的收入透明度是比较高的，偷税逃税的几率很低，税务机关应把精力主要放在富人身上。
（三）自行申报的起点采用“一刀切”的做法缺乏弹性
《办法》对自行申报的起点都定为年所得12万元，实行“一刀切”的做法，看似公平，实际上却是不公平的，不能体现量能负担原则。我国幅员辽阔，各地区经济发展极不平衡，两个收入相等但处于不同地区的“重点纳税人”，由于所处环境、物价水平不同，所承担的实际费用不同，其实际收入即实际所得不同，应承担不同的税收，相应的自行申报起点也应有所区别。
（四）纳税人自行申报容易，自行计算难
在目前公民税法知识普遍缺乏和个人所得税计算复杂的情况下，纳税人自行申报纳税容易，但自行计算自己的应纳税额就存在一定的困难。
另外，对年所得12万元的“重点纳税人”硬性规定采用自行申报的纳税申报方式，不仅会加大纳税人的纳税成本（纳税人委托中介机构或他人代理纳税申报而给付的费用），而且，因申报成本的加大可能会导致降低纳税人自行申报意愿或增加纳税人逃税的可能性。
（五）相关配套征管措施的规定缺乏
《办法》第三十一条规定：“主管税务机关对已办理纳税申报的纳税人建立纳税档案，实施动态管理。”但对尚未办理纳税申报或故意不办理纳税申报的纳税义务人，我们该如何管理呢？《办法》中没有给出说明，只是在法律责任条款中参照了《税收征管法》的相关处罚规定。这种单一的、事后的征管保障措施，究竟在多大程度上能发挥作用？只要对中国目前的税收征稽现状有所了解的人都会知道。然而，正是这些“应税未税”的纳税人，才真正是个人所得说征管的重点和难点，但《办法》中却并未提及，似乎有点避重就轻之嫌。
（六）尚未明确股票转让收入是否应纳入年所得，也没有明确相关的计税征收措施，给征缴纳税留下了真空
股票转让所得属于财产转让所得，属于《办法》规定的11个应税所得项目。但是，国务院决定，对股票转让所得暂不征收个人所得税。
根据《个人所得税法实施条例》，对股票所得征收个人所得税的办法，由财政部另行制定，报国务院批准施行。鉴于我国证券市场发育还不成熟，股份制还处于试点阶段，对股票转让所得的计算、征税办法和纳税期限的确认等都需要做深入的调查研究后，结合国际通行的做法，作出符合我国实际的规定。
但是，国家税务总局尚未明确股票转让收入是否计入总收入。当然，依据国家税务总局的上级部门国务院的决定，对股票转让所得暂不征收个人所得税，但关键是，股票转让收入是否应计入总收入，以及计入总收入后该项收入是适用全额扣除还是适用税率为零，《办法》都没有给出可操作性的说法。