由于目标明确，这一阶段改革实践的重要特点是整体推进、重点突破，注重制度建设和体制创新。从1994年开始，财政、税收、金融、外贸、外汇、计划、投资、价格等方面的配套改革相继取得重大突破。如财税体制改革包干制，实行分税制；金融体制初步实现政策性金融与商业性金融的分离，实施人民币汇率并轨。从1998年开始，不失时机地推进了国有企业的改革与脱困工作，进行国有经济布局和结构的战略性调整，大力支持非公有制经济的发展；市场体系包括商品市场和各类生产要素市场的建设均取得重大进展，整顿和规范市场经济秩序工作取得阶段性成果；积极推进社会保障制度改革，基本确立起社会保障体系的框架；适应市场经济的要求，转变政府职能，对政府机构进行重大改革。对外开放从沿海、沿边、沿江扩展到内陆，基本形成全方位、宽领域、多层次的对外开放格局，以加入世贸组织为标志，对外开放进入新阶段。总体看，经过这一阶段的改革实践，国民经济的市场化程度进一步提高，市场在资源配置中的基础性作用日益明显，社会主义市场经济体制初步建立。但仍然是初步的、不完善的，特别是加入世界贸易组织后，许多深层次的矛盾和问题开始凸现，一些体制性的障碍尚未突破。
第三阶段
建立现代企业制度
完善市场经济体制
第三阶段（2001年至2020年）是逐步完善社会主义市场经济体制阶段。党的十六大提出新世纪头二十年全面建设小康社会的宏伟目标，提出基本实现工业化，建成完善的社会主义市场经济体制和更具活力、更加开放的经济体系的任务。这次三中全会的《决定》，就是落实十六大的任务，就完善社会主义市场经济体制作出的明确部署。
这次《决定》在重大理论观点、方针政策和体制架构方面有许多创新。其中，在改革理论上有两个突出的亮点。一个是关于股份制成为公有制的主要实现形式的论断，另一个是提出建立健全现代产权制度。《决定》提出，要适应经济市场化不断发展的趋势，进一步增强公有制经济的活力，大力发展国有资本、集体资本和非公有资本等参股的混合所有制经济，实现投资主体多元化，使股份制成为公有制的主要实现形式。我国从上一世纪九十年代开始，公司制发展迅速。有关资料显示，到2001年底，除个体户外，90%以上的新建企业为股份制企业，70%以上的老企业改为股份制企业。改革实践表明，从放权让利的国有企业改革——推进股份制和发展非公经济——发展混合所有制经济——股份制或混合所有制成为国有制的主要实现形式，表明我国公有制特别是国有制找到了一个与市场经济相结合的形式和途径。建立归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅的现代产权制度，首先是国有企业建设现代企业制度的需要，因为产权清晰是现代企业制度的首要特征。改革国有资产管理体制，也是要解决产权清晰问题，使国有企业出资人到位。集体企业改革，也要以明晰产权为重点。建立现代产权制度，更是大力发展非公有制经济和混合所有制经济的根本前提。因此，建立现代产权制度是完善基本经济制度的内在要求，是构建现代企业制度的重要基础。
当前改革进入攻坚阶段，要触及一些深层次体制性障碍，利益关系也面临重大调整，只有坚持解放思想、实事求是，与时俱进，把《决定》的各项重大部署落到实处，才能实现十六大提出的建成完善的社会主义市场经济体制和更具活力、更加开放的经济体系的重大任务，更大程度地发挥市场在资源配置中的基础性作用，为全面建设小康社会提供强有力的体制保障。