这里所称结存资金是指留存在行政事业单位的预算内、外、其他资金形成的结余性资金。包括：各类基金、专项结余、经常性结余等。
审计了解并认为，目前行政事业单位部门结存资金数额较大，且呈逐年递增趋势，不利于财政资金的统筹管理与使用，也不利于提高资金效益和缓解建设与资金的矛盾，更不利于经济和社会的协调发展。因此，规范部门结存资金监管，强化财政职能，发挥沉淀资金效益，减轻财政负担十分迫切。经调查，部门结存资金呈现两个特点：一是在构成上以基金和专项结余为主；二是在分布上具有普遍性，并以有资金分配权的重点部门和事业单位为主。
一、结存资金较大的主要原因
（一）事业单位管理体制不顺，财政监管难度较大
在结存资金构成中，绝大多数为事业单位的各类基金，而基金构成的合理性取决于其收支活动是否真实与合法，更取决于事业单位的管理方式。
就目前管理体制来看，一是绝大多数事业单位从属于行政部门，财政财务收支活动的监管依赖于主管部门，加之事业单位多、分布散、资金规模不一，财政等外部监管鞭长莫及。二是基于从属关系，事业单位与行政部门间的收支活动有其内在联系，有些主管部门为了部门利益，将应上缴财政或应在本部门核算的预算外及其他财政收入在下属单位核算，造成收入不实，加大了基金分配基数。三是事业单位收入结构发生变化且来源复杂。近年来，随着经济体制改革的深入，全额或差额事业单位，除上级拨入、执收所得等财政收入外，不同程度的存在着国有资产出租或其他经营性收入，对此，财政不易掌握，控制更难。
（二）相关政策与制度存在缺陷
1、基金分配制度不尽合理。事业基金和福利基金是事业单位收支相抵后的结余分配。其收入来源包括财政拨款、预算外资金以及其他资金。就预算外资金而言，法规明确规定其不得用于个人福利支出，但根据基金分配制度，此类资金结余参与分配，其结果不仅扩大基金规模，且改变资金使用性质，影响法规执行的严肃性，并造成财政性资金支出向个人倾斜。
2、预算外资金支出管理政策滞后。多年来，预算外资金支出所采取的“专户存储”并编入单位部门预算的管理政策，是为了加强预算外资金收入管理，有效调动部门积极性，缓解部门经费不足所提出来的。随着预算外资金的增加以及收入管理的不断规范，特别是部门预算改革提出了加大综合预算管理的要求，这种实为部门所有的预算外资金支出管理模式已显滞后与不适，其不仅给财政资金统筹管理与使用带来不利，也为部门结存资金提供了空间。
（三）预算管理改革仍有空间
1、零基预算未完全到位。预算编制多采取“上年基数加增长”的方法，虽发挥了财政总量控制的优势，但实际操作中，为满足“财政控制数”和部门争取资金的要求，一些部门拿资金找项目，高标准编制预算，造成执行与预算脱节，部分项目未实施或相互调剂、宽打窄用产生差额，导致结余。部门预算改革虽然提出了以零基预算为基础，逐步实行预算内外资金统筹的综合预算要求，但因多年惯性以及零基预算需做大量的核实确认工作，财政力量无从保证，实际仍延续了传统方法。
2、预算统筹作用不明显。按照要求各部门收支及以前年度的结余或基金，应在预算编制中给予全面的体现，但部分单位的收入等未全部纳入预算，致使部门结存资金只增不减。另外，用基金弥补事业经费虽列入预算编制项目，但基本上未落实。
3、专项资金管理有待完善。首先，上级补助资金对口下拨，不通过下级财政，对其收支余情况财政无从掌握；又因部分切块资金预算编制较粗，项目具体使用单位以及所需资金未能在编制中详尽体现，财政监督难以到位，同时给有资金分配权的部门留有调剂资金的空间，应拨不拨或少拨资金，形成资金在部门滞留。其次，政策因素形成结余。如，根据相关政策，各地区增设高新技术企业融资担保专项资金，但由于资金风险，加之缺少合适项目，多数未用，在管理部门滞留。上述情况有客观原因，但也要管理措施不到位，致使资金在部门积淀。另外，专项结余应交不交现象时有发生。