3．在配备地方审计机关领导干部时相应的素质与能力要求得不到保证
地方审计机关接受上一级审计机关的业务领导，同时又是政府的职能部门，其负责人的任免、调动、奖惩等都系于本级人民政府，各级政府是审计机关的主要领导，审计机关不得做出偏向同级政府的选择。在审计机关领导干部配备上，一些地方较少考虑审计工作的特殊性，经常未经上一级审计机关的同意，就将一些不懂审计业务的干部安置到审计机关任职，从而造成审计机关领导外行多、职数多的不正常现象。
4．审计机关履行审计职责所必需的经费得不到保证
这在一定程度上影响了审计工作的正常开展。无论是按照世界各国的通行做法，还是从我国审计工作的发展趋势来看，今后审计工作的重点是监督国家财政收支。很显然，审计机关与财政部门是监督与被监督的关系。但目前我国审计机关的经费又由同级财政部门审批，两者关系明显不顺，审计工作不可避免地会受到制约，客观上势必会影响审计机关对财政部门的监督力度。尽管我国《审计法》及其《实施条例》对审计机关履行职责所必需的经费作了明确规定，要求列入财政预算，由本级政府予以保证。但从实际情况来看，由于各级政府及其财政部门都把审计机关视同一般行政机关，加上一些地方财力紧张，许多审计机关履行职责所必需的经费得不到保证，特别是地、县两级审计机关经费紧张的问题更加突出，影响了审计工作的正常开展。
5．中央审计力量严重不足
按照现行财务隶属关系或国有资产监管关系划分，属于审计署及其派出机构审计的单位大约有3万多个。从绝对量来看，还不到全国80万个被审计单位的40%，但这些单位的资金量约占全国的70％左右。因此，必须加强对这些重点领域、重点部门和重点资金的审计监督。但由于目前中央审计力量不足，每年实际审计的单位不到3000个，审计覆盖面只有10％左右，有不少中央单位自审计署成立以来还从未接受过审计。以中央预算执行审计为例，一级预算单位有100多个，每年只能审计50％左右，二三级预算单位的审计面只有20％；县以上国税局有3000多个，每年审计不足5％；海关系统有250个分关，每年只能审计20％。1998年机构改革后，审计任务繁重与审计力量不足的矛盾越来越突出。
二、改革1完善我国现行审计体制的必然性和现实可能性
(一)我国审计体制改革的必然性
应该看到，相对于立法型审计体制而言，行政型审计体制具有较浓厚的内部监督色彩。我国实行行政模式审计体制，国务院是最高权力机关的执行机关，而审计机关作为执行机关的组成部门去监督执行机关自身，力度肯定会受到一定的影响，特别是政府某些行政活动有悖于法律，或在行政活动中存在短期行为，或者发生区域利益、行政级次利益、部门单位利益冲突时，尤其会影响审计机关的独立性。而独立性是审计的“生命线”，没有独立性，客观、公正地进行审计监督便无从谈起，审计重要作用的发挥则属奢望。因此，对我国现行审计体制进行改革具有其必然性。
如何对我国现行审计体制进行改革，当前主要有如下几种观点：
1．对现行审计行政领导体制进行结构性调整，也即“改良”观
“改良”的具体设想主要是审计署仍隶属于国务院，但在国务院内升半格，使审计长具有相当于国务院副总理或国务委员的地位，同时延长审计长的任期，使审计长职务不受政府任期的影响，在客观上保证审计监督组织的独立性；审计长由人大任命，其业务归总理领导，从法律上规定审计长既向国务院报告工作，又向人大报告工作，当二者矛盾时，以人大为主。
这种观点，看似提高了审计的地位，保证了审计组织的独立性，但也会存在一定问题，因为只要审计机关是政府的组成机构之一，则在进行审计工作时就会不可避免地受到政府行政行为的影响。而且审计机关夹在政府与人大之间，就会象夹在媳妇与公婆之间的丈夫一样，两难做人，甚或导致落于双方均不予以信任的尴尬境地。