90年代初，中国政府向世界卫生组织承诺，到2000年中国将全面改善农村初级卫生保健工作。 为此，政府提出了“恢复与重建”合作医疗制度的任务，但这个号召没有得到广大农民的响应，各地的合作医疗试点大部分都以失败而告终。其主要原因是政府无意承担农民医疗保障的责任，反倒坚持“筹资以个人投入为主，集体扶持，政府适当支持”。实际上，相当多的县乡两级财政是吃饭财政，难以“支持”农民医疗保障；乡村集体经济脆弱，无力“扶持”农民医疗保障；结果担子最后还是压在农民自己肩上。 所以，虽然经过十来年的努力，农村合作医疗制度并没有像预期的那样得到恢复，其覆盖率在农村始终低于10%的水准。根据卫生部1998年进行的“第二次国家卫生服务调查”，全国农村居民中得到某种程度医疗保障的人口只有12.68%，其中合作医疗的比重仅为6.57%。换句话说，87.32%的农村居民没有任何社会医疗保障，成为毫无保障的自费医疗群体。 前卫生部长张文康承认，即使这小得可怜的覆盖面也还不巩固，往往是“春办秋黄，一进、二送、三垮台、四重来”。
表七：农村居民医疗保障情况
调查项目 农村合计 一类农村 二类农村 三类农村 四类农村
1993
合作医疗 0.10 0.35 0.02 0.04 0.02
自费医疗 84.11 64.14 88.10 95.40 83.07
1998
合作医疗 6.57 22.22 3.61 1.61 1.83
自费医疗 87.32 71.79 92.53 94.78 81.49
2001年，城镇居民的可支配收入是农村居民纯收入的2.9倍，还可以享受由国家补贴的医疗保障；农民收入低得多，却必须承担医疗保健的所有费用。中国卫生保障制度如此不公平，实在令人触目惊心。
最后，我们来看看居民自己掏腰包的医疗保健支出。前面已经提到，这是当今中国卫生总费用的大头，占60%左右。图十三给出三组数据，即城乡之间人均可支配收入的差距、人均消费性支出的差距、人均医疗保健支出的差距。早在1985年，城乡居民在医疗保健支出方面的差距已经是两倍之遥，不过与其它两方面的差距大致相同。进入90年代后期，医疗保健支出方面的差距远远超过其它两方面的差距，达3.5倍以上。以2001年为例，农村居民的人均医疗保健支出为96.61元，城镇居民为343.3元，两者相差3.55倍。
将政府预算卫生拨款、医疗保障和个人医疗保健支出三方面的差距加在一起，便是城乡之间卫生费用的差距。根据上面的分析及其它有关数据，我们测算，2000年，中国卫生总费用为4763.97亿元，其中农村卫生费用1073.6亿元，占总费用22.5%；城镇卫生费用3690.2亿元，占总费用77.5%。同一年，全国12.7亿人口中，63.8%是农村居民，36.2是城镇居民。换言之，占全国三分之二人口的农村居民只拥有不到四分之一的卫生总费用，而占人口三分之一的城镇居民享有四分之三以上的卫生总费用。 这种不公平不要说与社会主义的理念绝然对立，就是与最起码的平等观念也相互矛盾。更让人不安的是发展趋势。据测算，1993年农村卫生费用占全国卫生总费用34.9%，1998年为24.9%， 而2000年仅为22.5%，七年里下降了十多个百分点，平均每年以近两个百分点递减。如果这个趋势持续下去，真不知农村份额将跌至何种程度。
卫生费用方面的不平等必然表现为卫生资源配置的不平等。从图十二就可以看出来，1982年以后，医疗卫生工作的重点就开始转向城市。在1982－2001年间，中国医院床位从205.4万张增加到297.6万张，涨幅为44.9%。在此期间，城镇医院床位从83.2万张增加到195.9万张，涨幅为135.3%，而农村医院床位不但没有增加反倒从122.1万张下降到101.7万张，降幅为16.7%。结果，农村医院床位占床位总数的比重从1982年的60%跌至2001年的34.2%，比1965年的比重40.2%还要低。毛主席1965年批评卫生部为“城市老爷卫生部”，看来现状依然如此。
不仅如此，在城市里，卫生资源相对集中在大城市；在大城市里，卫生资源相对集中在大中型的医院。这些大医院贵族化现象日益明显。相形之下，农村医院的卫生资源乏匮，医疗设施落后，医护人员素质不高。近20年来，农村医疗条件的改善主要集中在县级卫生机构。到了县以下，乡镇卫生院和村卫生室面临着重重危机。