本来，县乡村三级医疗防疫保健网是中国卫生体系的特点和优势，在第一次农村卫生革命中发挥了关键性作用。其中，乡镇卫生院是三级保健网的枢纽，发挥着承上启下的作用，承担着预防保健、基本医疗、卫生监督、健康教育、康复、计划生育等基本卫生服务；村卫生室是“网底”，在为村民群众提供安全方便的常见病诊治服务，在公共卫生和预防保健方面发挥着重要作用。但是，80年代以后，大批专业医疗人员从农村返回城市，乡镇卫生院的人才大量流失。加之乡镇财政实力有限，大多数乡镇卫生院所获的补助是越来越少，生存面临危机。 与1980年相比，无论是农村卫生院的数量还是其床位数，都没有增加，只有减少 （见图十四）。据卫生部长说，全国乡镇卫生院中，三分之一很好，三分之一勉强维持，三分之一基本散了架子。那些很好的卫生院集中在东部沿海省份，而西部的卫生院可以说是惨不忍睹。 不少地方以“改革”的名义，已将乡镇卫生院租赁、甚至拍卖转让给个人。仍然运转的卫生院也往往是举步为艰。由于财政支持不足，乡卫生院难以留住人才，医疗设备很少更新， 因而难以提供老百姓需要的医疗卫生服务。病人少导致卫生院收入少，收入少导致服务水平低，服务水平低导致病人更少。结果，相当多的乡镇卫生院陷入恶性循环。
农村大多数居民最经常利用的卫生资源是村卫生室，但很多地方的村卫生室处于瘫痪状态。原因很简单，集体经济崩溃以后，很多村连卫生员的工资都发不出来，只好将卫生室由乡村医生自己来承包，或者干脆分散单干。目前，全国大约50左右的村卫生室已变成了个体医疗点。 从图十五看，现在乡村医生的数量只有1975年的三分之二，而卫生员的数量则从1975年的328万跌到2001年的27万，还不足当年数量的零头。另外，农村接生员的数量也下降了一半，从1975年的61.5万人降为1997年的32.2万人。而在此期间，农村人口的绝对规模还有所扩大。一增一减的结果是，每千农村人口乡村医生和卫生员的人数从1985年的1.55降到2001年的1.41（见图十六）。除了卫生人员相对数量减少外，他们的素质也令人担心。村级卫生人员中相当多的人只在30年前合作医疗高潮期接受过短期培训。虽然他们或多或少参加过一些后续培训, 但在市场化的大环境下，他们要么不乐意、要么没有能力承担农村基本医疗保健的任务，如预防保健、传染病报告等。
合作医疗的解体，严重影响了农户的看病行为；三级医疗预防保健网的破损，使一些已经消灭或控制的传染病再度复发；再加上城乡居民收入差距的扩大，使健康状况方面的城乡差距不仅没有缩小，反而有所扩大。就疾病模式而言，城市的特点是以慢性非传染性疾病为主，而农村、尤其是中西部农村，依然是以感染性疾病和营养不良为主导。 妇幼健康方面的城乡差距更为明显。农村的孕妇死亡率和婴儿死亡率一直比城镇高得多（见图十七和十八）。从趋势上看，90年代中期以前，这两方面的城乡差距好歹在缩小。但1995年以后，改善的势头消失了；90年代末，差距还有扩大的迹像。人口死亡率方面的数据相对比较齐全，因此恐怕更能说明问题（见图十九）。从1957年到1980年，农村人口死亡率下降幅度明显快于城镇，使城乡差距迅速缩小。但1980年以后，农村人口死亡率几乎没有什么变化，城镇人口死亡率还有所下降。结果，在改革开放的二十多年里，人口死亡率方面的城乡差距不仅没有缩小，反倒扩大了。至于人均期望寿命，没有系统数据。但据2000年进行的第五次全国人口普查资料计算，中国人均期望寿命为71.4岁；其中城镇居民人均寿命75.21岁，农村居民人均寿命69.55岁，前者比后者高出5岁多，相当于发达国家与中等收入国家之间的差距（见表一）。
（3）阶层差别
上世纪80年代开始，受当时流行的“承包责任制”的影响，卫生医疗部门开始强调自主经营、自负盈亏；医疗卫生机构内部则实行所谓“多劳多得的按劳分配原则”。随着政府补贴越来越少，医疗卫生机构一步步走向市场，卫生保健一步步商品化，卫生事业的公益型也渐渐被决策者淡忘。遵循“效率”原则，医疗机构开始以利润最大化为目标。什么“救死扶伤”、什么“人道主义”都要服从市场的指挥棒。受利润驱动，医院的门诊费、住院费飞涨。 受利润驱动，不少医生变成了药厂的掮客，想方设法向患者兜售不必要的药物。受利润驱动，有些医疗机构对患者小病大治、无病用药。受利润驱动，一些行之有效但不赚钱的治疗方法被弃之不用。