1．基础数据不够完善。目前社会保障税务征缴最大的障碍就是基础数据和信息网络建设和管理落后，使得征管缺乏有效的数据，管理和稽查力度缺乏有效的依据，不利于社会大众对其的有效监督，致使在征管过程中漏缴、少缴的情况难以有效遏制，严重阻碍了社会保障管理社会化的进程。另外，改革必然带来部门利益的调整，使得社会保险经办机构与地税部门对基本养老金基数的确定存在意见分歧，地税部门为了更好地取得工效挂钩成绩，存在人为减少缴费基数的情况，导致缴费基数不统一。
2．社会保障经办机构仍设“收入过渡户”。财政部与劳动保障部联合颁发的《社会保障基金财务制度》规定，实行税务部门征收社会保险费的地区，社会保险经办机构不再设“收入过渡户”。但绝大多数试点地区仍旧设立“收入过渡户”，有悖于财务规定，增加了社会保险费的运行环节及在途时间，不利于社会保障基金的“收支两条线”管理。
3．税务征收权不完整。地税部门征收社会保险费主要依据的是《社会保险费征缴暂行条例》和地方行政性法规，在强制征收措施中，只能对延迟缴费的加收滞纳金，并对责任人处以罚款，逾期不缴纳的，申请人民法院强制征缴。而实行税收保全、强制扣款等税务部门最有力的征收手段则缺乏法律依据。在征收程序上，社会保险费的征收计划和缓交审批均由经办机构认定，地税部门处于“代征”的地位，难以发挥地税部门“依法征费”的作用。
4．税务机构职能尚未完全到位，征收管理落后。目前税务征缴职能末完全到位，关系未完全理顺，收缴工作还是由社保机构、税务机构两家管理，缴费单位既要经办机构确认，又需向税务部门申报缴纳，增加了社会保险基金交纳的工作量，延长了交纳时间，有些出现“压票”现象。另外“收入过渡户”的存在，税务收缴的社保费没有直接上缴财政，导致使资金划拨周转环节过多，影响资金划拨效率和管理。
进一步完善税务征缴的建议
(一)完善社会保障基金税务征缴的短期建议。
1．规范、细化地税部门征收社会保险费的操作办法。目前，许多省市实行了税务部门征收社会保险费，一些地方正在积极酝酿实施。但是，目前国务院及有关部门对地税征收社会保险费工作仅在有关政策文件上作了原则规定，缺乏统一、规范的操作办法。针对这种情况，财政、税务等部门应及时交流征缴情况，进一步总结经验，深入分析研究，提出规范和细化的具体办法，要点是：第一，各级政府年初要确定社会保障基金预算，预算一经确定，地税部门就根据确定的基数、费率等相关政策具体实施征收；第二，企业按地税部门的征管程序办理缴费业务；第三，社会保险费实行属地化征收；第四，征收的社会保险费不设“收入过渡户”；第五，经办机构建立缴费单位和个人的资料档案及台帐；第六，社会保障基金财政专户管理等。这样，使社会保障基金税务征缴工作有章可循、规范操作、健康运作。
2．赋予税务机关完整的征收权。从法律法规、建章立制的角度真正赋予税务机关征收社会保险费的权利，使税务机关能够旗帜鲜明地行使法律赋予的强制执行手段，征收的全过程包括缴费基数和人数的核定、征缴入库、处罚、催缴等全部由税务机关依法完成，同时，也要明确税务机构征收社会保险费的责任与税收责任同等重要，增加税务机关的收费意识和压力，力争做到权利与义务相统一。
3．理顺社会保障基金征缴机构的关系，健全社会保障基金的管理。税务部门负责社会保险税的征管；社会保险基金实行预算管理，进入各级财政的社会保障预算，由财政部门负责监督社会保险金的支付和使用；社会保障部门负责社会保障法律、法规和政策的制订和执行；银行、邮局等社会服务机构负责发放。形成税务管征缴、财政管资金、社保管核拨、银行邮局管发放的机构体系，实现社会保障基金收、支、管、用运行过程的有序化和规范化。
4．建立社会保障预算，加强社会保障基金的管理监督。随着社会保障基金规模的不断增大，其监管工作日益重要。按照“一揽子社会保障预算”方法编制社会保障预算，将所有社会保障的收入项目都纳入社会保障预算，统一、规范管理，避免社会保障基金的浪费、流失，对于强化社保基金监管具有重要意义。