从上来讲，农村集体拥有法定所有权，集体应当可以行使占有、使用、收益、处分的权利，但在客观事实上，我国的集体所有权是一种不完全的权利，农民集体所有权的最终处分权属于国家且集体土地所有权的经济利益得不到保障。最明显的例子就是土地流转过程中的最终处分权和部分经营收益属于国家。
2.容易产生权力寻租，导致农民利益受损。2003年3月施行的《中华人民共和国农村土地承包法》虽然以法律的形式肯定了农民对土地的使用权、流转权和继承权，以此来保护农村土地承包关系的稳定，但当国家为了“公共利益”的需要必须征用农民的土地时，土地承包合同就成了一纸空文。由于土地权属不清，管理体制不健全，征地制度不规范，近些年来，不少政府为获取土地收益，打着“公共利益”的旗号，一方面用计划经济的办法低价拿走农民的土地；另一方面用市场经济的办法高价出售土地，使国家农民两头受损。另外，土地实行“集体所有，分户经营”之后，国家对农村土地经营的大部分控制权下放给了农村各级基层政权，基层干部掌握着土地发包、调整地价、决定费用收取和宅基地分配等权力，由于缺乏有效的监督机制和能力，就使得乡村干部容易滥用权力，以权谋私；同时，作为土地转让价值的土地补偿费，无法由集体成员的农民直接支配，而被各级基层政权截留，导致了类似其他集体财产的所谓“人人所有，人人无权”的现象， [2]极大的损害了农民的利益。
3.农户土地经营规模小，生产效益低下。自实行家庭承包责任制以来，我国农村土地基本上按现有人口平均分配，把整块土地分割成许多小块分户经营，田埂、沟堰占了不少耕地。由于耕地面积狭小，农民还在沿用传统手工劳动工具，机械化大生产既不合算，也不可能。这既不利于农业生产规模的扩大，也不利于分工的发展，更不利于农业技术的进步。超小规模的家庭经营使中国农村经济带有浓厚的小农经济色彩，使我国农业生产长期滞留在半自给自足的经济阶段，导致农产品成本过高，缺乏市场竞争力，经济效率低下。[3]随着中国加入WTO，外国农产品凭借其价格优势大举进入中国市场，中国农业将由于自身的低效率而受到强烈冲击，农业发展将面临更大的挑战。
4.阻碍了城市化进程和土地资源市场配置与效率的提高。家庭承包责任制对土地使用权的划分，使农民对所承包的土地产生了恋土情节，农民不仅把集体所有的土地作为解决生活资料的来源，而且当作应付从事不稳定的非农产业带来的风险的一种手段。[4]加上土地对农民的就业保障、生活福利保障和伤病养老保障等功能，许多农民即使已经从事了非农产业也不愿放弃土地占有权，宁愿粗放经营或抛荒。，我国大多数农户经营的土地面积在0.5公顷以下，而世界上中等收入以上的国家平均每个生产单位的面积是76.5公顷。[5]我国人均农用地资源高度缺乏，而一些种田能手也为取得规模效益而希望得到更多的土地。换句话说，承包制使许多农民不能真正离开土地，安心从事非农产业；另一方面，又使得安心从事农业生产的农户不能通过扩大生产面积取得规模效益。因此，承包制既阻碍了广大农民真正从土地上解脱出来，又阻碍了农业的规模化、集约化经营。
5.关于土地承包期限的。1984年中央提出土地承包期15年不变，当时许多第一轮承包合同尚未到期，即使是1984年签订的合同也要1999年才能到期。但中央在1993年又提出再延长承包三十年，并提倡“增人不增地，减人不减地”。2003年3月启动的《中华人民共和国土地承包法》也重申了“耕地的承包期为三十年”，在此基础上规定“承包合同生效后，发包方不得因承办人或者负责人的变动而百年更或者解除，也不得因集体组织的分离或者合并而变更或者解除。”（24条）并规定“承包期内，发包方不得收回承包地，不得调整承包地，且不得单方面解除承包合同”（26、27、35条）。显而易见，中央政策的意图完全是基于农民的整体利益考虑。三十年承包期不变的设计者以为这一“定心丸”吃下去后，农民便对家庭联产承包责任制长期不变的信心增强，从而增加投资意愿。然而结果并非制度设计者所预料的那样，农民依然没有增加投资，很多农民依然生活在贫困线以下，农民的生存状况并没有得到大的改善。农民认为不肯投资原因非常简单，种田太不划算， [6]与承包期的长短没有太大的关系中央三令五申要为农民减负，取消农业税的呼声也越来越高，“减负”确实在一些地方得到了实现，许多农民又过去的每年交几百元到现在的几十元。但是，农民们依然贫困，全国依然又那么多的贫困村，贫困县，每年依然有越来越汹涌的“民工潮”。如果政府不能从根本上，从制度层面上解决种田不赚钱的现实问题，解决农民的贫困问题，光依靠延长承包期是不管用的。