6，国有企业年报审计具有一定的特殊性，但目前注册会计师只能根据财政部发布的会计报表格式，依照独立审计准则及其他执业规范，对国有企业进行审计。国有企业的特殊性一方面表现在其历史遗留问题较多，不良资产长期挂帐，常有隐含的潜在损失等，另一方面表现在国有企业年报审计的重点、程序、报告与一般企业年报审计有所不同。
二、针对以上问题可以采取的措施
1，改变委托方式。针对目前国有企业法人治理结构存在的问题，“内部人控制”现象较普遍的现状，应该改变由企业作为审计委托人的做法，可以让有权代表国有产权的有关机构（如国有资产管理部门、国有资产经营公司等）来行使审计委托权。只有这样才能解决审计委托人和被审计人合二为一的问题，只有这样才能保证审计工作的独立性。
2．改变审计费用的支付方式。对正常的审计费用，采取企业上交审计委托人，然后由审计委托人支付给审计人的办法。这种支付方式有以下好处：避免审计人和被审计人之间直接的利益关系，使注册会计师能秉公办事，减少审计入与被审计人之间的幕后交易；从根本上解决审计收费难的问题。到于抽查的审计费用依然依照“谁委托，谁付费”的原则，委托费由主管理财政部门负担。
3，加强注册会计师事务所审计资格
的认定工作，并对其进行严格的监管。鉴于目前我国大部分注册会计师事务所规模偏小的现状，应鼓励其合并，增强注册计师事务所的审计实力。注册会计师务所应具备为企业提供管理建议书和询服务的能力。
4，制定一些针对国有企业特点的年会计报表注册会计师审计具体准则，便注册会计师在国有企业审计中参照行。在对国有企业的审计过程中应特主意企业是否违反《会计法》和有关财方面的法律法规，是否存在私设帐簿人为调节利润的行为。
5，应该采取措施防止多头审计和重监督的问题，提高注册会计师审计的成性，同时减少企业的负担。
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