3.注册会计师的刑事责任。
《注册会计师法》第三十九条，《公司法》第二百一十九条，《证券法》第一百八十九条和二百零二条都规定了注册会计师的违法行为如构成犯罪的，都要依法追究刑事责任。《刑法》第二百二十九条规定：“承担资产评估、验资、验证、会计、审计、法律服务等职责的中介组织的人员故意提供虚假证明文件，情节严重的，处5年以下有期徒刑或者拘投，并处罚金；前款规定人员如索取他人财物或者非法收受他人财物的，犯前款罪的，处5年以上10年以下有期徒刑，并处罚金；第一款人员如果严重不负责任，出具的证明文件有重大失实的，造成严重后果的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金”。
2001年4月《最高人民检察院公安部关于经济犯罪案件追诉标准的规定》中，对《刑法》第二百二十九条第一款和第二款中介组织人员提供虚假证明文件案规定了追诉标准，即中介组织的人员故意提供虚假证明文件涉嫌如下情形之一的，应予追诉：（1）给国家、公众或者其他投资者造成的直接经济损失数额在伍拾万元以上的；（2）虽未达到上述数额标准，但因提供虚假证明文件，受过行政处罚两次以上，又提供虚假证明文件的；（3）造成恶劣影响的。同时该案件追诉标准对《刑法》第二百二十九条第三款中介机构出具证明文件重大失实案也规定了追诉标准，即中介组织的人员严重不负责，出具的证明文件有重大失实的，涉嫌下列情形之一的，应予追诉：（1）给国家、公众或者其他投资者造成的直接经济损失数额在一百万元以上的；（2）造成恶劣影响的。这些法律条款具体规定了注册会计师的违法行为到了什么程度将被追诉刑事责任。
二。目前注册会计师法律责任存在的问题
从注册会计师承担的三种法律责任的法律条款，我们可以看出目前对于注册会计师的法律责任的规定有如下问题：
1.不同法律规定之间存在矛盾。
《证券法》和《注册会计师法》强调的工作程序与应承担法律责任之间的因果关系，然而《公司法》、《刑法》以及《股票发行与交易管理暂行条例》等法律中强调注册会计师的工作结果与应承担法律责任之间的联系。按《证券法》与《注册会计师法》规定要求，只要注册会计师的工作程序符合有关专业标准的要求，即使其工作结果地与实际情况不一致，注册会计师也不一定要承担法律责任。其他法律则是按工作的实际结果与实际情况来判断注册会计师是否要承担法律责任。这些法律的不同规定，而相关的司法解释又不一致，使实际司法判决不一。因此协调各法之间的矛盾是目前注册会计师行业较为重要的问题。
2.最高人民法院《关于受理证券市场因虚假陈述引发的民事侵权纠纷案件有关问题的通知》的疑问。
注册会计师法》第四十二条的规定“会计师事务所违反本法规定，给委托人、其他利害关系人造成损失的，应当依法承担赔偿责任”。《证券法》第二百零二条的规定“为证券的发行、上市或者证券交易活动出具审计报告、资产评估报告或者法律意见书等文件的专业机构，就其所应负责的内容弄虚作假的……造成损失的，承担连带赔偿责任”。这些法律都明确阐明了注册会计师的民事赔偿责任。但是最高人民法院却一纸通知，将由最高立法机关所制定的法律的执行范围压缩，而且还设置了前提条例。法院不仅不履行应尽的法律义务，还将皮球踢给证监会，以证监会及其派出机构作出的处罚决定方依据方可提起民事诉讼。这个规定不仅对证券市场的欺诈案件判决不利，也不利于对注册会计师的监管。
3.注册会计师责任的认定问题。
《注册会计师法》明确规定注册会计师仅就自身的“重大过失”和“故意”行为对第三者承担法律责任，《刑法》中也明确提出了注册会计师要为“故意”和“重大过失”承担刑事责任。但是目前却无如何区分“普通过失”和“重大过失”和“故意”等的专业判断标准。
另外《最高人民检察院公安部关于经济犯罪案件追诉标准的规定》中对注册会计师的刑事责任追诉规定仅有损失数额的绝对数：故意提供虚假证明文件给国家、公众或者其他投资者造成的直接经济损失数额在伍拾万元以上的；重大失实的，造成的直接经济损失数额在一百万元以上的，都应被追诉。这些规定没有损失的相对百分数，这就没有考虑到相同的损失数额在不同的经营规模的公司中所占的重要性是不同的，这不利于在刑事判决中保护注册会计师的权益。