随着体制改革的深化，市场经济的发展，当初成立的外经公司本身也有了较大的变化。为了实行政企分开的原则，政府将原属于各职能部委的施工企业按部门、行业划归给了各部委所属的外经公司，从行政管理范围看，这些窗口单位有了下属施工企业，成为了有施工单位的实体组织，但其内部联系是依靠行政职权而不是资产的职权。有些外经公司对外经济合作业务开展不好，业务重心转移到开展国内业务。有些外经公司，包括上市的外经公司，经营情况不好，被重组掉了，名字虽然没变但性质已经变了。外经公司的性质已发生了变化，但由于对外经营权的制度没有变化，国际承包工程的经营方式没有发生实质性变化。
虽然各种经营方式都有其有利的方面，但经营方式的变化、创新是企业生存发展的关键因素之一。体制改革在深化，国际承包工程市场在变化，国际承包工程的经营方式急需改进和创新。有些外经公司在施行国外分公司形式的实体经营方式；有些公司在探讨用独立股份公司的形式承担国际承包工程。
窗口型经营方式是中国的特殊体制创造的经营方式，对发展中国的国际承包工程这个行业起到过强有力的推动作用。但随着国际市场的发展，这种经营方式的适用范围在逐步缩小。
一方面，可以承担国际承包工程的人才是项目实施成功的关键，如果这些人才留在项目实施单位，国内企业是否能留住这些人才是个很大的问题。在国外项目上表现出色的人员离开施工企业是过去几年的普遍现象。这种形式的人才流失对中国的国际承包工程影响很大。
另一方面，有国际承包工程人才的企业是否愿意继续与外经公司或同一家外经公司合作也是一个问题。这个问题的结果可能是有能力的单位不愿合作，愿合作的单位没能力。
另外，国际市场竞争加剧也给窗口型经营方式增加了合作成功的困难。竞争加剧带来的直接后果就是价格降低，低价竞争是大部分外经公司拿项目的唯一手段。低价破坏了合作的基础，造成窗口型经营方式的危机。表现明显的是低技术含量、高竞争的项目，如公路项目。以往的实践表明，以窗口型经营方式承担低技术含量、高竞争的国际承包工程的结果将是双输。