大学经历了一次复兴和改造。神学院变得无足轻重，有时甚至被完全取消了，或者被哲学院里的一个小小的宗教学系所取代。医学院保持了它原有的职能，继续成为一个特定专业的训练中心，而该专业现在已经完全被界定为一种应用型科学知识了。近代知识结构主要是在哲学院里(在较小的程度亡也在法学宪里)确立起来的。无论是文科领域的从业者，还是自然科学领域的从业者都纷纷涌入哲学院，并在那里建立起多元化的自律学科结构。
十九世纪思想史的首要标志就在于知识的学科化和专业化，即创立了以生产新知识、培养知识创造者为宗旨的永久性制度结构。多元学科的创立乃基于这样一个信念：由于现实被合理地分成了一些不同的知识群，因此系统化研究便要求研究者掌握专门的技能，并借助于这些技能去集中应对多种多样、各自独立的现实领域。这种合理的划分保证是有效率的，也就是说，具有思想上的创造性。自然科学早在大学复兴以前就已经确立了某种自律的制度形态，它之所以行动得较早，是因为它允诺能够创造出直接有用的实际成果，并以此为基础要求得到社会的和政治上的支持。在十七、十八世纪、各种皇家学院应运而生，拿破仑还设立了一些高等院校，这反映比当权者愿意推动自然科学的发展。自然科学家或许根本不需要大学就可以从事自己的工作。
因此．在整个十九吐纪，对大学的复兴贡献至巨者并非自然科学家，而是历史学家、古典学者和民族文学学者，他们将大学当作一种手段，以争取国家对其学术工作的支持。
他们把自然科学家也吸引到发展迅速的大学结构中去，并从自然科学家积极的一面获益甚多。不过，由此却产生出这样一个后果：从那时起，大学就成了文科(人文科学)和理科(自然科学)之间持续紧张的主要场所；人文科学和自然科学现在被界定为两种完全不同、对有些人来说甚至是截然对立的认识方式。
在许多国家，尤其是在英国和法国，正是法国大革命所引发的文化巨变迫使人们去澄清这场争论。政治和社会变革的压力变得异常紧迫，并被赋予了一种合法性，光是提出一些有关社会生活的自然秩序的假设性理论，已经很难满足这种要求。许多人认为，解决办法在于对社会变革进行合理的组织，无疑他们希望通过这种途径把社会变革限制在一定的范围之内。当时，主权在“民”正迅速地成为一项通则，社会变革似乎已是大势所趋。然而，若要对社会变革进行合理的组织，那就必须首先去研究它，了解支配它的种种规则。这就不仅为我们后来称为社会科学的那一类学科提供了发展空间，而且还对它们产生出了深刻的社会需求。 由此可以得出一个更进一步的结论：要想在一个牢固的基础上组织社会秩序，社会科学就必须越精确(或越“具有实证性”)越好。抱着这样的宗旨、十九世纪上半叶许多现代社会科学的奠基者(尤其是英法两国的)转向牛顿物理学．将其作为效法的楷模。
另外一些人则更多地致力于为那些经历了社会解体或正面临类似威胁的国家重建社会一体性。他们将已有的民族历史叙述加以详尽的发挥，希望借此为新兴的或潜在的主权国家提供坚实的基础。不过，这些历史叙述的主人公不再是王公贵族，而是“民族”。历史被重新表述为geschichte，即过去发生的事情，过去实际发生的事情。据认为，通过这种重新表述，历史就被赋予了一种完美的可信性。历史不再是为帝王作辩护的圣徒式传记，而是有关过去的真实故事，它解释现在，并为未来提供明智选择的基础。这种基于经验性档案研究的文学将社会科学和自然科学结合在一起，反对“思辨”和“演绎”(据说只有纯粹的“哲学“才使用这类方法)。然而，正因为这种史学深切地关注民族的故事，而每一个故事都与任何其他的故事有着经验上的差异、因此它使对新兴“社会科学”的倡导者所做的概括工作(即建立社会普通法则的工作)持一种怀疑甚至敌视的态度。
在整个十九世纪，各门学科呈扇形扩散开来，其所秉持的认识论立场互不相同。一端首先是数学，其次是以实验为基础的自然科学(它们按照一种逐次递降的决定论排序：物理学，化学，生物学)；另一端则是人文科学(或文学艺术)，其中哲学的地位最高(它作为—种非经验的活动依附于数学)，然后是对于形式艺术实践(包括文学、绘画和雕塑、音乐学)的研究，这种研究时常接近于史学，如艺术史。