司法腐败也暴露出旧体制下设置的法院制度严重不适应市场体制改革的需要、高成本低效率的审判机构和诉讼程序以及低素质的司法官员难以处理市场经济和开放社会与日俱增和日益复杂的纠纷等。法院改革的第二目标，就是建立高效率、低成本的诉讼制度，高素质、严约束的法官队伍。
一改革法院体制
改革法院体制是为消除地方保护主义，维护国家的权威和统一。改革的措施主要是：实行司法辖区与行政辖区分开，中央法院系统与地院系统分开。
地方保护主义是司法公正的大敌，是造成司法腐败的重要原因。由于实行财政 " 分灶吃饭 " 的包干体制和分税制，各地的经济状况和财政收入不同，使各地法院不仅在装备、办公条件、办案经费等方面，而且在工资、福利、职工住房等方面也出现很大差距。这样，法院和法官的经济利益同地区的经济利益连为一体，息息相关。在这种经济利益关系中，地方法官在处理有经济利益的案件和执法判决中，都会有一种地方利益和个人利益的考虑，希望本地当事人胜诉，本地的钱不要被外地拿走。加上有地方党政领导的要求和支持，于是，司法活动中违反法律，滥用职权、偏袒本地人、不作司法协助、甚至枉法裁判等地方保护主义就有其必然性，法院必然沦为保护地方利益的工具。这些情况表明，过去那种地方化的司法体制的设置已完全不适应市场经济的需要。的法制在地方保护主义下，法律的公正性几乎丧失。
造成这种状况的原因有法院设置上的问题。因为，我国法院设置是完全地方化的，司法辖区与行政区划是完全混在一起的。法院是各级地方政府的一部分，它的名称都称××省法院、××市法院、××县法院。法院的人事任免，法院的一切经费，法官的衣、食、住、行，托儿养老，都系于地方党政手中，法院怎么能够完全置地方利益不顾依法办案呢 ? 如果法院不听地方党政领导的意见，轻则被训斥，重则罢官；在各种权力压力和地方利益的引诱下，即使再好的法官也难刚正不阿。
在西方资本主义早期，地方保护主义也曾严重存在。在 13? ～ 15 世纪，征服英国建立中央政权的诺曼底王朝面对各地封建领主划地为牢的司法制度。国王建立王座巡回法庭，适用衡平法，来解决各地的司法分裂和地方保护主义问题，加强了司法的统一。美国在建国初期也曾遇到同样问题，各州存在严重的司法保护主义。联邦政府一方面建立联邦司法系统直接受理一些州际公民之间的纠纷和重要纠纷，另一方面，最高法院运用解释宪法中的联邦贸易条款来克服地方保护主义。
可见，要克服司法地方保护主义，必须从我国法院设置的改革入手。改革的措施是将司法辖区与行政辖区分开，打破行政辖区对司法辖区的统辖关系。建立独立于行政的司法管辖系统，建立中央和地方两套司法审判系统。中央法院系统设最高人民法院、上诉法院和初审法院。其经费由中央财政拨付，法官由中央任免。地方审判系统由高级法院、上诉法院和初审法院组成。地方法院经费由省级财政统一拨款。中央法院系统与地方法院系统实行分权管辖，管辖权划分的大致原则是地方初审法院管辖普通治安、刑事案件，普通民事案件包括婚姻家庭案件，损害赔偿、房屋等不动产案、继承、民间债务纠纷等。土地、山林、水利纠纷由当事人共同所辖的法院管辖。双方当事人都在同一初审法院司法管辖区内的经济合同纠纷案由地方法院管辖，部分行政诉讼案件以及在双方当事人选择的条件下，都可在地方法院诉讼。中央初审法院负责审理案件、重大的贪污贿赂案、跨司法辖区的经济合同纠纷、土地山林和水利纠纷、涉外与涉港澳台经济纠纷、重大知识产权纠纷。地方上诉法院受理地方初审法院的上诉案。中央上诉法院受理中央初审法院的上诉案，同时受理某些不服地方初审法院判决的上诉案。如较重大的刑事案件、行政诉讼案件、由当事人选择在地方初审法院审理的案件，上诉人可选择到中央上诉法院。最高法院的职权大致不变。这样，实际上只有三级法院：初审法院、上诉法院和最高法院。中央和地方二个初审法院不存在上下级关系，只存在案件管辖分工。中央初审法院实际上大致管辖的是原中级法院管辖的案件，加上跨地区的经济纠纷案件和其他重要案件。