除了对公有产权的界定和保护之外，地方政府还应继续走增量改革之路，加强对非公有产权的保护。因为，这是目前很多地方最薄弱也是最迫切需要进行制度创新的环节。
产权主要是通过降低交易费用和实现外部性的内在化而实现对经济的促进作用的。而能够实现这两大功能的产权应是那些资产能量化到个人的产权。公有企业在这一方面存在着重大的缺陷，由于资产不量化到个人，其委托—代理成本大，“内部人控制”使最终所有者难以实现对资产的有效监督，这是造成其经营困难的根本原因。而私有产权因资产的明晰量化和权利义务边界的确定性而产生极大的激励，它的私人收益率最接近于社会收益率，由此带来极高的生产效率。中国的改革实践，充分证明了这一点。自1980年以来，中国私营经济产值以平均每年71%的速度增长，到1999年6月，私营企业占国内生产总值的33%（而国有企业产值占工业总产值的比例则从1978年的78%下降到1999年的33%）。目前，私营经济的贡献已经接近或超过国营部门，但其所占用的国家资源比重却微乎其微，而“耗用了2/3最为稀缺的资本资源的国有经济对国民生产总值的贡献只占1/3。”[3]中国私营企业用非常有限的资源去高水平甚至是超常发挥其内在的潜力。
然而，我们应该看到，私营经济的高效率和低成本的增长并没有伴随其他制度的相应变迁，它的发展还存在着一些严重的制度障碍。从政府方面来看，主要的问题有：（1）产权保护制度欠缺。现有的法律和法规对私营企业合法财产和其他权益的规定比较薄弱，私营企业在与其他经济主体之间出现纠纷时得不到有效的法律保护，从而使其发展的原动力受到削弱。（2）市场经济中的公平公正原则没有真正实现。私营企业在诸如市场准入、银行信贷、税费征收和其他社会负担等方面常常受到不公平的待遇。（3）政府运作的不规范和官员拥有太多的超经济权力，使私营企业主不得不从“寻利”转向“寻租”，扰乱正常的市场秩序。从私营企业本身来看，问题主要有产权界区不清、家族化管理、规模小、产业结构的低级化和产品结构雷同等。其中，最主要的问题是产权界区不清，表现在：相当一部分私营企业主家庭成员或家族成员内部自然人之间的产权界区不清；一部分私营企业，尽管其资本的形式确是私人资本，却在法律形式上戴了一顶“红帽子”；[4]一些私营企业是在没有真正的出资人的混沌状态下生成的，如负债借钱，从而造成天然的产权不清；一些私营企业主以个人的资本筹办企业，却以“合作”之类的形式注册成立公司。产权主体界区不清的危害是多方面的：不利于企业的资本积累；企业法人的独立性和完整性易于被侵害；影响企业的治理结构和管理权威；造成有关人员之间的权、责、利不明确，而产生“搭便车”的道德投机。[5]（P42～57）
科思将交易费用概念引入经济分析中，揭示了交易费用与制度形成的内在关系。他认为，企业和市场的边界是由市场的交易费用和企业内部的交易费用的相互比较来决定的。[6]但中国在向市场的过渡过程中，需要政府对市场的培育和扶持，企业与市场的交易过程多了一个政府的环节，决定了企业的交易费用必须考虑政府这一因素。柯荣住通过实地调研并运用统计模型的方法分析了企业、政府和市场三者之间的交易费用变化，[7]认为企业的交易费用由4部分构成：企业与政府的交易费用；市场与政府的交易费用；企业内部交易费用；企业除负担第二项费用之外的交易费用。中国私营经济发展的初期，第一、二项交易费用是最重要的（这与科思的理论有所不同），是中国过渡经济时期私营经济发展中具有实质性影响的制度问题。柯荣住进一步分析，宽松的准入政策比宽松的规制政策更有决定性作用。因为，宽松的准入政策会使私营企业更有发展的机会，而且政府也会采取与其相配套的规制政策，从而使私营企业的交易费用不断降低，提高其发展的动力。本文认为，政府在实行宽松的准入政策和规制政策的同时，还要履行其产权方面的职能和社会职能，减少企业第三项和第四项方面的交易费用，以进一步调动私营企业发展的积极性。