2.2 对建设单位应履行的义务缺乏有效的监管措施
由于目前黄河水行政执法主体没有单独的行政执行权，行政执行必须和地方执法部门共同实施。对于建设过程中出现的违规现象没有有效的遏制手段,一旦施工许可证获批后，河务部门无法对建设中或建成后的违规行为进行有效监管。
2.3 行政干预和权大于法的现象仍阴霾不散
有些大型非防洪工程建设项目，往往是国家投资、地方政府集资或招商引资的重点项目，比如滨博公路大桥、滨州公铁两用大桥等。河道主管机关在监管过程中发现违章、违规问题进行制止时，建设单位就会找到地方领导，反映建设项目工期紧、任务重、困难多，需要政府出面协调，地方政府出于对建设项目的重视，就会搞一些建设项目协调会，其实质就是直接干预水行政执法，或下达行政指令，责成相关单位在规定的时间内完成相关的工作。有时还要求河道主管单位替建设单位完成本应由建设单位提供的材料，使一些问题本末倒置。行政干预导致河道主管机关对建设项目管理处于非常被动的地位。
2.4 项目建成后管理难以奏效
建设项目竣工投入运营后，所涉及运营过程中产生的垃圾清理、建设项目对防洪工程的影响以及河势变化、水体污染等一系列问题，都是在建设项目运营后才产生的。而河务部门一般是在项目取得施工许可证前就与建设单位签订了相关协议，由于缺乏相应的制约措施，运营单位能否认可，并遵守建设单位签订的相关协议，往往无法预料。
2.5 工程废弃后拆除责任无法落实
建设项目废弃后，由于拆除费用难以解决，建设单位不愿拆除，而河道管理单位又没有制约措施，废弃工程带来各种防洪隐患。如穿堤输油管线废弃后遗留在大堤、河槽内，对防洪造成严重影响，给沿黄群众的生命财产安全带来不安定因素。
2.6 群众的法律意识不强，宣传力度不够
在执法过程中，发现群众对水法规理解不够，增加了解释的难度。比如群众在堤坡上放牧，他们认为不但对防洪工程没有影响，反而帮助黄河部门节省打草经费，却不知道堤坡放牧损坏堤防工程的完整，影响防洪安全和工程面貌。
2.7 上下级标准不统一
在对一些项目影响防洪的标准上，黄委、省局标准不统一，口径不一致，造成了基层单位管理的被动。
2.8 管理经费严重不足
随着河道内非防洪工程建设项目的不断增多，管理任务日益增加，包袱越来越重，当前防洪工程都没有足够的管理经费，更谈不上拿出资金对河道内非防洪工程项目进行有效的监督管理。
3 针对存在问题应采取的对策
3.1 加大宣传力度，营造良好的管理氛围
充分利用“世界水日”、“中国水周”和“12•4”法制宣传日加大水法规宣传力度，面向全社会普及水法规知识，同时，抓好日常宣传活动，提高沿黄群众的水法规意识，争取他们对非防洪工程建设项目管理的理解和支持。
3.2 成立专门的河道内非防洪工程建设项目审查委员会
根据《黄河流域河道管理范围内建设项目管理实施办法》、《中华人民共和国行政许可法》等规定和精神，成立以加强对建设项目的受理、审查和监管为目的的河道内非防洪工程建设项目审查委员会，明确各职能部门的职责，规范工作程序，提高工作效率，按照管理、审批程序和权限使项目能够得到及时审查、转报和批复，使河道内非防洪工程建设项目的管理走向规范化道路。
3.3细化法规条款，完善办理程序，增强可操作性
对有关建设项目许可的法规要制定实施细则，项目的立项、审查、修改、审批（转报）、验收、运营等各个环节要细化，各种补偿标准、抵押标准要明确，具有可操作性，有利于非防洪工程建设项目管理的规范化。
3.4上下一盘棋，标准统一、口径一致
从黄委到基层，在河道建设项目管理的大原则上标准要统一，口径要一致，互相配合，互相支持，依法按水行政法规管理项目，树立河道主管机关的权威，确保黄河部门的合法权益。