一、社会保险基金现行的收付实现制会计核算基础的局限性
1.不能全面准确记录和反映社会保险基金的负债情况，不利于防范基金风险
我国城镇职工基本养老保险制度采用的是社会统筹与个人账户相结合的方式，其中社会统筹部分采用的是建立在代际转移基础上的“现收现付制”，而个人账户则是“基金制”。“现收现付制”是按照一个较短的时期（通常为一年）内收支平衡的原则确定缴费率，来筹集社会保险基金。因此，本预算期内的社会保险费收入仅满足预算期内的社会保险金给付需要，一般保留有小额的流动储备金，即所谓“以支定收，略有结余”。这种制度是下一代人供款养活上一代人的制度，属于代际间的收入再分配。“基金制”是指在任何时间点上累积的社会保险费总和连同其投资收益，能够以现值清偿未来的社会保险金给付需要。这种制度的本质是 “同代自养”。
以收付实现制为基础的会计核算，是以现金的实际收付作为确认收入和支出的依据，只能反映基金财务支出中以现金实际支付的部分，并不能反映那些已发生但尚未用现金支付的债务，如借入款项的利息、个人账户的应计利息等；这部分债务成为“隐性债务”。“隐性债务”在社会保险基金的会计账务和报表中得不到反映，只有在实际支付利息或归还本息时才能体现支出，造成社会保险基金的会计账务和报表不能全面准确记录和反映社会保险基金的负债情况，不利于防范基金风险。
2.不能进行正确的成本效益核算，不利于反映社会保险基金活动的真实结果
社会保险基金是为了保证劳动者在丧失劳动能力或失去劳动机会时的基本生活需要，在法律的强制规定下，通过向劳动者及其所在单位征缴社会保险费，或由国家财政直接拨款而集中起来的资金。社会保险基金具有强制性、基本保障性、特定对象性、统筹互济性、储存性和增值性的特点。
社会保险基金是先征集保险费形成基金，再分配使用。社会保险费是在劳动者具有劳动能力的时候，逐年逐月从其创造的价值中强制扣除一部分，经过长期储存积累，在其丧失劳动能力或失去劳动机会、收入减少或中断时，从其积累的资金中为其提供补偿。从社会保险基金管理的角度看，征收的社会保险费本金及其应计利息是“负债”，是参加社会保险的劳动者委托社会保险基金管理机构管理的资金，最终是要返还给劳动者的。社会保险经办机构应利用时间差和数量差，努力使基金增值，以达到社会保险的保障目的。社会保险经办机构的运行成本，除机构本身的行政管理经费由财政拨付可不予考虑外，其真正的成本就是参考银行同期存款利率计算的社会保险基金利息。
收付实现制以会计期间款项的收付为标准入账，当收益实现和收到款项的时间不在同一期间时，收付实现制会计记录的收益便不能代表活动的真实结果；同样，当费用发生与支付不在同一期间时，收付实现制会计记录的费用也不能正确反映当期业务活动所支付的代价。
《社会保险基金会计制度》中关于“第301号科目-基本养老保险基金”的说明是这样规定的：有条件的地区，年末，按养老基金个人账户储存额，参考银行同期存款利率计算个人账户利息时，借记“统筹养老基金结余”科目，贷记“个人账户养老基金结余”科目。这一规定是立足于当年基金利息收入总额大于个人账户应计利息额，也就是统筹基金必须盈余。在全国大部分省市养老保险基金个人账户“空账”，甚至养老保险基金赤字造成养老保险待遇支付困难，需要由中央财政补贴或借款的情况下，收付实现制这一核算办法掩盖了保险基金运行的真实结果。因此，收付实现制会计核算基础不能公正客观地核算社会保险基金运行成本和反映运行结果。