实行会计集中核算后，各部门单位财务账由会计中心管，而资产物资仍在各部门单位，有关负债往来款项还需要各部门各单位负责清收，客观形成账物、账款管理分离。如果会计中心与各部门单位在资产负债管理问题上不能协调一致，那么势必会造成资产流失，资金管理失控。所以，财政审计等有关监管部门，一是要审查盘点固定资产，看部门单位固定资产是否及时入账核算，固定资产总账、明细账以及与部门单位资产备查账是否相符，账实是否一致。二要审查往来款项是否存在、是否真实，防止部门单位收支挂往来，逃避预算监督；防止职工个人长期占用公款，形成呆账损失。三要审查各项应缴预算款、应缴财政专户款是否真实、准确、完整，检查督促其及时上缴国库和财政专户，防止被隐瞒、截留和坐支挪用。
四、加强对部门单位资金使用效益的检查监督，防止损失浪费。
实行集中核算后，对部门单位财务审计监督应从正常财务收支合规性审查，向资金使用效益性审查转变。重点是要突出对部门预算安排的项目支出和财政及其主管部门追加下达的专款进行检查，看其有否按规定用途及时使用，有否按政策要求配足资金，有否按设计要求达标到位，有否存在资金损失浪费，项目实施后，通过纵向、横向比较，以及与比，与同行比，与论证目标比，运用不同的比较，检查部门单位资金使用的效益效果，是否得到充分地发挥，还有哪些潜力可挖。在此基础上，不断地经验，剖析不足，提出建议，整改提高，充分发挥监督部门的职能作用。
五、加强对部门单位内部控制制度健全性、有效性的检查监督，防止财务失控。
一个单位的财经秩序好坏，与其内部控制制度是否健全有效有相当大的关系。如果这个单位财务内部控制制度建立健全，而且能够完全执行到位，那么，违反财经纪律的行为就必然很少。否则，就容易产生财务管理失控问题。因此，实行会计集中核算后，有关监管部门要加强对部门单位内部财务控制制度健全有效性的检查，一改过去事后监督向事前、事中监督转变，由监管部门被动监督向部门单位自我主动监督转变。财政审计等监管部门，要通过开展经常性的符合性测试和实质性测试，检查部门单位财务人员与业务事项和会计事项的审批人员、经办人员、财物保管人员的职责权限是否明确，并做到相互分离、相互制约，严防货币资金和实物资产管理失控；重大对外投资、资产处置、资金调度和其他经济业务事项的决策和执行的相互监督、相互制约程序是否明确，严防领导个人独断专行、决策失误造成损失；财产物资管理制度和财产清查的范围、期限和组织程序是否明确，严防资产流失，账实不符；预算管理制度和财务审批管理制度是否明确，严防财务开支无计划、多头审批管理；经济业务活动和财务活动流程及操作程序是否明确，严防财务与业务脱节，出现收入失收，资金失控，票据失管问题等等。
六、加强对会计中心管理有效性的检查监督，防止会计核算统管流于形式。
实行会计核算统管后，会计中心不仅要规范会计核算工作，而且更要注重对部门单位收支的管理和监督，做到会计核算与会计监督职能并重，否则就会成为部门单位的账房先生.为此，财政审计有关监管部门，要强化对会计中心管理有效性的检查监督，一是要检查会计中心是否按照《会计法》及《会计基础工作规范》等有关会计核算管理制度要求，及时、真实、准确、完整地搞好统管部门单位的会计核算，认真做好记账、算账、结账、报账工作。对结报事项不合规、手续不完备、不完整，附件不齐全的会计凭证，是否做到及时清退，严格把好核算关。二是要检查会计中心是否严格执行各项财经管理制度，确保部门单位结报的各项收支真实、合规，财务活动规范化、制度化，真正把好监督关。比如：有否督促部门单位严格执行部门预算，检查有没有存在无计划、无预算或者超计划、超预算拨款行为；有否督促部门单位严格执行政府采购制度，检查有没有存在属于政府采购范围的支出，未经过政府采购就给予列支结报行为；是否督促部门单位管好用好各项专项资金，检查有没有存在专款不能专用，挤占挪用专项资金行为；有否督促部门单位搞好固定资产和往来款项的清理工作，检查有没有存在因账物、款项管理脱节造成管理混乱和往来不清等行为。三是要检查会计中心内部控制制度建立及执行情况，确保部门单位资金在会计中心运行安全完整。