“三农”宏观政策如果没有微观改革的配套将很难长久发挥作用，从而影响“从根本上解决‘三农问题’”。“三农”问题根源于农村基本经济制度设计和安排中的矛盾，现在到了该对其进行反思和改造的时候了。
农地制度的现实困难
首先，农村土地承包制度需要继续完善。中国农业科学院教授牛若峰认为，这项改革没有解决土地所有权问题，集体所有的法律规定含混不清（《宪法》、《民法通则》、《土地管理法》规定，农村土地除国有的以外，属于农民集体所有，而《村民委员会组织法》第五条则说本村土地“属于村民集体所有”）；没有把土地所有权和农户宅基地所有权归还农民；没有给予农民以长期永久经营使用权和土地处置权，承包农户只是半自主的经营主体；另外没有将农村集体组织改造为名正言顺的合作经济组织如土地合作社。我们还应该看到农民组织和农村治理结构严重滞后与家庭承包经济制度不配套所带来的严重影响。家庭经营是对人民公社时期农村生产经营制度的根本性改革，而农民组织和农村治理结构仍然沿袭了人民公社三级体制，公社体制的“遗留”与家庭经营的经济制度的磨擦是现实农村经济、政治和社会问题的根源。
其次，农村双层经营体制没有真正形成。我们认为，当前农村许多地方，集体经济已成为空壳，事实上只剩下农户家庭经营这一个层次；在一些地方，仅有的集体经济不是集中在为农户经营提供产前、产中、产后的服务领域，而是集中一部分土地（比如“机动地”）和资产（比如以集体名义经营的乡村企业）由少数人承包经营，以此作为集体的主要收入来源。集体经济和农户经营“两张皮”的现象严重影响了农民收入增长。重建农村统分结合的双层经营体制势在必行。
再次，农村土地产权结构导致当前农村愈演愈烈的土地矛盾和纠纷。近几年，我们对国内近20多个省（市区）的农村问卷和实地调查表明，土地集体所有、家庭承包经营制度设计和安排中有两大矛盾无法解决：其一，在集体内部，成员边界不稳定，而且新增成员具有“天赋资源权”和法定的“公开、公平、公正”承包权，因此“土地承包关系稳定”与“承包土地关系变更”的矛盾始终存在。现代化过程实际上也是农业资源转移的过程，与农地、农民增减变化相伴随，必然不断改变人地关系，“稳定”与“变更”之间的冲突始终不可避免；其二，集体成员“共同共有”的制度设计，无法屏蔽其它利益主体的侵害，致使农村土地所有权的“排他性”极其弱小，这恰巧给一些地方无度征用土地的乡村干部乘机攫取土地资源配置权留下了空档。
削弱农地制度的几大因素
一、农民承包土地承担了太多的功能，已不堪重负。在经济意义上，承包土地是集体成员平等获取生产资料和社会保障的权利；在政治意义上，承包土地是农民获得民主权利的基础；在社会意义上，承包土地还担负着稳定乡村社会结构的重要作用。因此承认农民的土地财产权，将提高农民的社会归属感并有利于稳定。
二、目前农村面临前所未有的土地调整压力。集体土地总量减少的过程，也是农民承包土地调整的过程；在农村，“赋予农民长期而稳定的土地使用权”的政策、法律精神远没有落实，农民土地权利事实上“短期而不稳定”。
三、第二轮土地承包制度的现实安排与成文制度有较大偏差。乡村干部随意变更承包合同、调整或收回农民的承包地、干涉农民的生产经营活动等现象屡有发生。时至今日，仍然有一部分地方没有完成二轮承包任务。
四、农村土地大量转移诱致农村生产关系变化，可能导致家庭经营制度逐步解体。根据我们的调查判断：（1）农业内部的土地流转表现出向本地种植养殖业大户、非农村住户（民间、工商资本和外资）等三种主体迅速集中的趋势；（2）农地资源向非农用途大量转移，“国家建设”、“园区开发”、“乡村集体圈占”三分天下；（3）与此相对应，农地资源转移正在悄悄改变农村生产关系和社会结构。首先，土地规模流转引致农业生产组织形式不断改变，家庭承包经营制度可能被企业化农场和公司所取代；其次，承包农户在享有流转土地的补偿收益以外，其它土地权利在事实上将让渡给经营者。转入土地的大户和外来资本将控制村社的基本生产资料，进而左右村社“民主政治”，从而打破传统的以地缘、血缘为纽带的村社稳定结构；再次，无地、失地农民如果不能顺利转移到非农产业或城镇，他们的身份将转化为大户和外来资本的“雇工”或者“新佃农”。