②预算与开支不同步。由于国家只要求医院自身的事业收补偿其业务开支及管理费开支中预算拨款的不足部分。这实际上就意味着医院的某些改善性开支应由国家预算给予拨款。可是，却常常出现国家预算拨款与医院扩大开支不同步的现象。有些部门（也包括财政部门）时常开口子，制定和下发某些需由医院增大开支的文件。象近两年来的计划生育奖励费，独生子女补助费，保健津贴、护士劳保用品费、医护人员进修费、托幼补助以及药品降价逆差等一系列需由医院增加开支的项目。而财政部门均未给予拨款补助或只补助其中很少一部分。大部分开支要医院自行解决，造成医院一定程度上的政策性亏损。这类开支，在很大程度上打乱了医院的收支平衡对于某些小医院来说，甚至决定其经济命脉。
③在人员经费的预算上，只保人头而不保任务。就是说不论你那个医院床位是否足编，医疗任务完成得好坏，一委按定编人员补助工资。这就在客观上对积极开满床位（甚至增编）、积极完成医疗任务的医院起到了打击作用，而对床位不足编、不积极完成医疗任务的医院起到了纵恿作用。因此，如果适当考虑按床位编制或医疗任务拨付人员经费，倒是对积极足编床位、努力完成任务的一种鼓励和对任意增加人员编制而不足床位编制的一种制约。
因此，上述预算制度上的缺欠，必须改革。
（2）关于核处制度的改革与建设
医院现行核算制度，由于受半预算半经营理办法的束缚，核算极为粗糙，管理也很落后。特别表现在以下几个方面：
①费用核算不完全。医院虽是社会福利企业，但又是有经营活动（如药品的经销）和生产活动（如药品、制剂生产）的部门。因此，既使还作不到成本核算，也应实行完全的盈亏核算。可目前医院连来业费用都没有核算完全。
例如：医院没有建立折旧制度，所有固定资产的消耗不列支出。它的结果是使结余不真实，药品经营和制剂生产的盈亏无法考核。并且，也使医院的固定资金不足值。医院账面上的固定资产，有的已使用时间很长，有的已接近报费，早已贬值，但还挂在账面上。这种核算制度，直接阻碍医院的经济管理工作，使固定资产的包管理、包使用、包维修的制度也难以施行。
因此，应建立固定资产的折旧制度和大修理基金提取制度。在事业支出中增设折旧费、大修理费两个支出科目。在来源类增设专用基金科目。将分期提取的更新必造基金、大修理基金、超收留成、福利基金等均列入该账户内进行核算。而现行预算拨会的维修、购置费，可以收入的形式做弥补收支差处理。这样，医院购置设备、器械及用于大型维修的开支就不在事业费中列支，而直接在专用基金——更新发行基金及大修理基金中列支。其结果，既有利于预算拨款的计划管理，又有利于医院的核算与固定资产的管理，
②账户设置不合理。在医院现行核算制度中没有对药品经销及药品生产单独设账立户核算。没有单独按类别归集药品生产、药品经销的收入和支出，使核算不完全。因此，应单独设立账户并设置相应的管理费、药品经销的收入和支出，使核算不完全。因此，应单独设立账户并设置相应的管理费、共同生产（经营）费等分摊科目。以求各类盈亏（或成本）核算的全面和真实。（科目改制中也包括前面所讲到的有关折旧一类账户的建立）
③报表制度和内容不适应管理的要求。由于预算部门对卫生事业部门的挟限，在报表制度和内容上总存有某些“报账制”的特点。是大收大支“品袋账”的报表形式。无论是业务支出，其它支出还是一次性补助支出均列入事业支出一个通栏大户。收入中，除拨款收入外也不分哪类性质均列入事业收入一个通栏大户，根本无法直接体现其结余及经营 活动的效果。因为，在拨款收入中，有些一次性拨款收入（如维修、购置费等）根本无法鉴定其是否已会诸实施。其中有些项目可能已实施，有些可能还正在实施之中或根本没有实施。既使已全部实施，也无法鉴定其实际支出额是否与拨款收入对等，是超还是结。因此，应将拨款收入中的正常经费补助和一次性补助在账上和表上分开，在支出中也要单独体现。这样，我们才大致可以看出医院的经济效果来。当然，随着医院核算体制的改革，医院报表制度和内容还需进一步修订。