尽管如此，还原论并没有因此而沉寂下来。为还原论声张合理性的声音首先来自生物学本身，生物学面貌的根本性变革是从分子生物学的诞生开始的，而分子生物学实际上就是从生物大分子运动的角度来对生命本质所做的揭示。不管哲学上对还原论做何种批判，目前生物学上的每一个突破，事实上都还是来自微观领域的探索，随着量子力学的发展，对生命现象的揭示甚至大有向量子水平发展的趋势。就是在对生命本质的系统运动的规律探索方面，似乎也不得不做某种还原。1970年，艾根（Eigen,M.）把物理学、化学的普遍性原理推广到生物学并与生物学成功结合，通过对经验事实的抽象来追踪历史的遗迹并逻辑地再现历史，从而建立了关于生命起源的超循环模型。
另一方面，如果完全否认低层次规律的作用，那么整体论解释也将陷入尴尬的局面，因为这样做，对生命现象的解释就只能仅仅落实在自然画面的一般性质上，于是人类的认识就只能停留在思辨的水平，这就不仅使生物学的研究无所作为，而且可能给神秘的活力论留下足够的生长空间。持这种观点的人，实际上是把承认低层次运动规律的作用，等同于18世纪那种把生命运动归结为低层次运动简单相加的机械论，忽视了始于19世纪下半叶的自然科学综合是一次辩证的复归。这种复归是在对自然界的细微部分有深刻了解的基础上，对从低级运动形式到高级运动形式进行的全面把握。就是说，既要承认生命运动与物理运动、化学运动的质的差异性，又要承认物理运动、化学运动在生命运动中的客观实在性。这才是系统哲学对生命体的真正认识。
从现代系统观来看，生命体虽然是高层次的物质体系，但同所有物质体系一样，不可能脱离基本的物质组分，只要有基本的物质组分，就必然存在相应的物质运动，但由于这些物质组分已经进入生命体系，所以组分之间同时又必然有较强的相互作用。由于组分之间存在相互作用，所以低层次的物质运动与组分单独存在时相比，运动状况不能不受到某些限制。高层次的生命运动，实际上就是以受限状态出现的低层次运动相互作用的结果。虽然生命运动不能简单归结为物理运动和化学运动的线形加和，但也不可能违背物理学规律和化学规律。诺贝尔医学生理学奖获得者莫诺（Monod,J.）说过：“生物界并不包含那一类可以预测的客体或事件，但生物界构成了一种特定的事件，这个事件同最重要的原理是不矛盾的，但不可能从这些原理中把它推导出来，所以本质上它是无法预言的。”[5]笔者对莫诺关于生物界不可预言的观点并不苟同，但可以说，遵守物理学和化学规律，是研究生命运动的必要条件，只不过不是充分条件，要揭示生命运动的规律，还需进一步研究组分之间的系统相关性。
超循环理论的创立者艾根对物理学和生物学的关系持有以下观点：1）生物是由非生物发展而来的，因而生物学规律不能违反物理学的基本规律；2）为了研究非线性的、非平衡的复杂系统，物理学需要形成一些新的特殊原理，这些原理并不与物理学原有的基本规律相矛盾；3）可以把物理学与生物学比喻为一般和特殊的关系，将物理学的普遍原理应用于生物学系统，既可以理解生物学的具体问题，又可以丰富和发展物理学的基本理论。
再看生物之间和生物与物理环境之间的关系，这种关系包括物质、能量和信息的交换关系，其中最主要的是物质交换关系和以物质为载体的能量交换关系。在天然生态系统中，这种关系表现为生物小循环（食物链）的运动和地球化学大循环运动，其中不仅包括生命运动，而且还包括生命体之间的互动、生命体与非生命体之间的互动以及非生命体之间的互动，是一个更为复杂的系统。关于系统描述，一般系统论的创立者贝塔朗菲说过：“‘整体大于部分之和’，这话多少有点神秘，其实它的含义不过是组合性特征不能用孤立部分的特征来解释。因此，复合体的特征与其要素相比似乎是‘新加的’或‘突现的’。然而，如果我们知道了一个系统所包含的所有组成部分以及它们之间的各种关系，那么就可能从组成部分的行为推导出这个系统的行为。”“这些陈述确确实实是很平常的，只是由于机械论观念的曲解，由于忽视了相互关系，倾向于把现象分解为单独的要素和因果链，才使得这些陈述成了问题，并导致生物学、心理学和社会学中的概念混乱。”[6]