在报税模块中除了能接收企业按时报来的正常数据外，还可以接收企业由于各种原因造成的非正常情况下的报税数据，比如软盘补报、存根联补录报税和逾期报税等。
每月接收所辖企业的报税数据后，税务机关在报税模块中还需要将其接收的销项发票数据按照与稽核系统的接口规范生成指定文件，并输出到稽核系统。
四、防伪税控系统的认证购货方企业得到的防伪税控系统开具的增值税专用发票抵扣联在抵扣之前要到税务机关进行认证，这个操作是在税务端的认证模块中完成的。
抵扣联发票票面信息可以通过扫描仪自动扫描或手工录入得到，经过认证识别后的发票有以下几种认证结果：认证相符发票，发票的密文解密后与明文数据比对完全一致；密文有误发票，发票的密文无法通过解密；认证不符发票，这种发票密文可以解密，但解密后与明文数据比对不一致；重复认证发票，这种发票是认证相符的发票，但是数据库已经存在此发票的认证信息，如果第二次再进行认证并要保存其认证结果时就会作为重复认证发票；无法认证发票，因褶皱、揉搓而无法识别的发票。
对于抵扣联发票的认证数据，认证相符发票将按与稽核系统的接口规范生成指定文件，并向稽核系统输出；认证不符和密文有误的发票将作为问题发票按与协查系统的接口规范生成指定文件，并向协查系统输出。
认证模块除了完成抵扣联发票认证这一主要业务功能外，还可以进行存根联补录工作。存根联补录的用法是这样的，当企业开票子系统的专用设备和硬盘数据库同时损坏，无法通过开票子系统形成报税IC卡或磁盘数据时，企业可以持已开发票的存根联到所属税务机关，将存根联数据自动扫描或手工录入到认证模块中，由认证模块形成的存根联补录报税数据将直接写在数据库中，报税模块可以直接从数据库中读取企业的存根联补录报税数据，从而完成企业的报税。
五、防伪税控系统的制约处理为了保证防伪税控系统安全高效地运行，在系统设计上对开票子系统采取了一套完整的维护授权与制约机制，这种制约方式完全是从软件功能上实现的，避免了人为操作的随意性和不可靠性。企业在充分利用开票子系统提供的便利进行开票、抄税等操作的同时，得到税务机关的有效监控和管理，从而使税务机关严密掌握着增值税专用发票的运行情况。
首先企业购买发票时要遵从其被发行时所限定的购票限量限次，不能无限制地任意购买发票。
在开票子系统进行发票填开时，其中的销货方税号、名称、开票日期都取自金税卡，企业无法擅自更改，并且所开发票的合计不含税金额不能超过所限定的最大限额。如果企业需要更改企业税号、名称和最大限额，经过申请批准后，由税务机关对其专用设备的相关数据进行重新写入后，才能在开票时体现出来。为了保证增值税专用发票严格按照正确时间开具，如果出现金税卡中的日历时钟不准需要调整的情况，要先到税务机关进行修改时钟授权，得到授权后才可以激活相应菜单，调整时钟。修改时钟的授权只能使用一次，如果再次修改时钟，还需要再到税务机关进行授权。这样税务机关对企业开票子系统的任何变化和关键性操作都了如指掌，便于管理和及时发现问题。
系统对企业开票的制约不仅表现在购买和填开发票上，另外还制约着企业按时抄报税。企业每月首次进入开票系统，进行发票填开之前必须先进行抄税，否则不能开票。抄税之后要在规定的时间内（一般是每月10号之前）到税务机关报税，逾期不报税，开票系统会自动锁死，无法进行有关操作。解除锁死状态的惟一办法就是到税务机关报税，报税成功后会在企业税控IC卡上写入报税成功标志，开票系统读到这个标志后就会自动解锁。如果遇到节假日需要延长锁死期限时，也是由税务机关在税务端系统中进行相应的设置，并且在节假日之前的报税期企业报税成功时，写入报税成功标志的同时写入新的锁死期限天数，开票系统读到这个新的锁死期后就会生效。
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