一、制度障碍
1.宏观制度因素
（l）不尽完善的政企关系。一方面，政府职能转变的滞后和过多的行政干预，导致仍然没有成为真正意义上的技术创新主体，企业、政府和科研机构的关系尚待理顺；另一方面，政府各机构对技术创新的管理协调不力，在技术创新基础设施建设等方面的投入不足，造成创新项目的选择存在盲目性，甚至出现了新的重复建设和投入的分散化。
（ 2）有待健全的融资制度。国有商业银行存在某种程度上的“贷款歧视”，如对中小企业及民营企业的投资偏好较弱，严格的审批制度等也不利于推进创新；资本市场发育滞后，限制了创新资金来源；风险投资机制尚未建立健全而制约高技术产业之；诸因素共同作用使创新资金源渠道单一，而且机构与企业创新的合作关系不畅也导致技术创新规模缩小、创新风险加大。
（3）落后的政策体系。企业迫切需要技术创新的良好外部环境。据调查，开发贷款政策、将技术开发经费打入成本政策、科技人员奖励政策、减免税政策、产业政策、融资政策等是企业技术创新的重要方面。其中前四项政策影响最大。而此方面，我国的政策制定与执行显得滞后。
（4）僵化的科研体制。教育投入不足及教育体制的落后，使创新型人才短缺，教育、科研、企业之间缺乏必要的信息联系，即产学研脱节。一方面人才培养不适应技术、经济发展的需要；另一方面，技术、经济发展所需人才又不足。
（5）尚待完善的其他制度。专利法、反不正当竞争法等执行不严及其他制度的不健全，也不能为我国企业技术创新提供必要的法律保障而延迟技术创新的步伐。
2.微观制度因素
（1）企业制度落后，企业制度尚未有真正建立起来。现代企业制度的核心是公司治理结构，由于真正意义上的公司治理结构还没有建立或运作的不规范，致使企业仍然是产权不清、政企不分，企业缺乏一套相对有效的激励——约束机制。其后果是，一方面使企业难以成为自主型的市场主体，缺乏创新的动力和压力；另一方面则导致企业的产权制度不明晰和管理机制的缺位，滋生了经营者的“道德”。
（2）企业人力资源管理（HRM）的低效，使企业创新的源泉——员工的创造性受到遏制。一是企业全员素质较低、技术人员少。据统计，我国人员占总人口的比例为2％左右，远远低于美国7．6％、日本7．5％的水平；二是企业家缺乏创新意识，而企业家却是技术创新机会的发现者和技术创新的发动者。实践表明，高速成长的企业无不是在创新型企业家的推动下发展的。
（3）管理制度落后。较差的管理基础，市场营销观念淡泊，狭长型的组织结构等均难以为企业技术创新提供良好的微观环境。
二、产业组织障碍
1．不完善的市场结构阻碍企业技术创新
我国市场结构的不完善，其本质在于垄断与竞争的矛盾，即企业缺乏具有市场力的垄断或仅有低级次的较大规模、缺乏有效竞争或仅有分散经营的小规模，这种市场结构既不能实现创新资源的优化配置，也不能推动技术创新。具体表现在；一是市场集中度过低，即产业组织或企业规模结构不合理。一般而言，企业规模越大，市场力（market power）越大，创新努力程度越强。但这并不排除小企业也有很强的技术创新能力。例如，在美国，大约50％的技术发明是由小企业完成的。而我国“大而全，小而全”的市场结构很难推进技术创新。二是规模经济效益较差。企业技术创新需要一定的规模条件，这是由技术创新过程和市场的风险或不确定性决定的。低水平的重复建设不仅造成资源浪费，使企业成本上升、缺乏较好的财务绩效，而且也不可能获得投资、生产、研究和开发（R＆D）等生产技术方面和销售、咨询等服务方面的规模经济。较大的企业规模，可集中和利用优势（资源、财务、R＆D等），加快技术创新步伐。例如，GM公司，1997年其R＆D经费为84.136亿美元，超过同期我国大中型 R＆D经费总额；可规避技术创新风险（多样化经营的益处）；可通过建立“技术创新同盟”加强中小企业的技术创新能力，并降低风险。例如 Intel公司已单独向125家创业公司进行投资，而微软公司也至少向此类公司注入资金达50次以上。三是我国同一产业的企业产品差别化程度较低。这一方面造成同业间的过度竞争，最终两败俱伤；另一方面则易造成较高的模仿率，从而产生“格雷欣现象”。相反，产品创新、过程创新能使产品在性能、设计等方面产生真实或客观的产品差异。四是企业进退避垒较高。根据鲍莫尔（W·J·Baumol）的可竞争，即只要存在一个进退无障碍的市场结构，就可能有一个好的企业行为和市场绩效，即相对自由的市场环境有利于技术创新。在我国，除结构性和行为性障碍外，市场环境中的制度障碍也严重限制了企业自由进入某些非垄断性产业，这促使该类产业内的企业缺乏创新动力和竞争压力从而延迟技术创新过程；另一方面则使新进入者的潜在和可能的创新动机受到遏制。