二、公平原则
如何处理公平与效率的关系是任何分配政策都无法回避的问题，农村税费改革也是如此。在我国各种自然人纳税人中，农民是一个比较特殊的群体，表现在：第一，人数众多，八亿多农民构成了世界之最；第二，与其他自然人纳税人相比，农民直接向国家交纳农业税，纳税观念较强，而城镇中由于工商税收构成主要税收收入，来自个人的部分很少，再加上个人所得税漏管漏征严重，造成了大部分城镇居民纳税意识淡薄。农民纳税人人数多、纳税观念强的特点，决定了在处理农业、农村分配关系时必须把公平放在首要的位置。目前，农民税费负担不公主要表现在两方面：第一，农民承担了超出其受益范围的公共服务成本，也就是说，交了钱，却未享受到应有的服务；第二，农民之间负担不公平，存在着苦乐不均的现象。
1.城乡之间的负担不公
正如前文所述，建国以来农业创造的价值大量转移到工业中去，农民为工业的发展做出了贡献，但从工业发展乃至整个社会进步中获得的收益却远远少于城镇人口。城乡差别、工农差别的逐渐扩大便是城乡之间负担不公的表现之一。农村税费改革之前，乡统筹主要用于农村教育、计划生育、五保户供养、乡村道路建设、民兵训练等公共服务的提供。2000年安徽省取消了乡统筹，四川省双流县则保留了乡统筹和村提留。但是，无论是否保留乡统筹和村提留，乡镇的事权并未减少，原来以三提五统为资金支持的事业还要办下去，于是乡镇财力紧张的状况愈加严重。其原因并不在于乡镇收入太少，而在于乡镇承担了过多的事权。也就是说，乡镇所提供的公共服务的受益范围超出了乡镇，甚至是全国受益，尤为突出的是，乡镇承担了几乎全部的农村教育支出，这显然是不公平的。在我国大部分农村地区，农村教育支出主要是用于基础教育，即中小学教育，而不同层次的教育其效益的外溢程度是不同的，基础教育的外溢性最强，是全国性公共产品。在农村接受基础教育并不代表今后就要在农村就业，现实情况是许多农家子弟通过升学进入城市，不再服务于农业、农村，农村基本上得不到回报。也就是说，农村承担了城市劳动力的教育成本，这显然是不合理的。从全国教育经费支出来看，1997年农村小学生人数占全国小学在校生的69.7%，但只获得60.5%的财政性教育经费；农村初中学生人数占全国初中在校生的56.7%，只获得了48.7%的财政性教育经费。另一方面，农村公办、民办教师的工资支出占乡财政支出的比重在有些地区占到50%甚至还要多，而且越是落后的地区，比重越高。安徽省一项三县十乡镇的调查表明，教师工资占全部财政供养人员工资的比重平均为75.2%，最高达93.1%.基础教育、计划生育、民兵训练都是全国性公共产品，并不专属于某地方某部分居民的利益和事业，但这些事权主要由乡镇政府以及村负责。这无疑增加了农民的负担。
2.农民之间的负担不公
2000年各地改革的方案不同，但均有不同程度的负担不公的现象。四川省双流县改革试点的做法是“费随税走”，即按照农民所缴纳农业税的一定比例征收三提五统，税费全部与土地挂钩，所导致的问题是：种地农民与不种地农民税负不公，不种地的农民基本没有负担，而由种地的农民承担全部的三提五统；地域税负不公，城郊农民土地少、负担轻，而边远山区人均土地面积较多，负担重。而边远地区的各项条件本来就比城郊差，这样只会扩大两者之间的差距。以上是收费方面的不公，农业税征收方面则存在着“有地无税”、“有税无地”的现象。一是在核实农业税计税土地面积时，一些村组为了自身利益可能出现漏报、瞒报土地及新开垦耕地不上报等情况，造成计税土地面积不实，形成“有地无税”；二是因道路、农田水利、公益事业等基本建设挤占没有核减的计税土地等原因，造成“有税无地”。按“谁受益、谁负担”的原则，这部分税赋会转嫁到农民头上，据实征收成为空谈。因此，核实田亩，合理确定常产和计税面积，不仅是目前税费改革急需进行的一项基础工作，也可以为今后农业税的征收创造良好的条件。如果负担不均的问题长期得不到解决，必然会引起农民的不满情绪，激发新的农村社会矛盾，不利于共同富裕目标的实现。由于农村地域辽阔，各地情况差别很大，想找到一个适合所有地区的计征方法不太可能，必须根据各地实际，充分考虑各种因素。例如在粮食产区，可以采用费随税走的方法，对于那些承包土地少而以其他副业为主要收入来源的农民，可考虑单独制定一套方法，以区别对待。