我国现有的保税区包括大连、天津、青岛、张家港、上海、宁波、福州、厦门、汕头、广州、珠海、深圳（盐田、福田、沙头角）、海口等15个保税区。
保税区作为一类特定地区，在海关监管上具有自己的特点：
A．封闭式管理：海关依照有关规定对进出保税区的货物、运输工具、个人携带物品实施监管。保税区与中华人民共和国境内的其他地区（简称非保税区）之间，应当设置符合海关监管要求的隔离设施。
B．境内外进出，简化手续：保税区作为关境内一类特殊的地区，在海关监管上采用特殊的办法。保税区与境外进出货物，采取简化的通关手续，并免征进出口税费或可享受保税待遇，同时免收经济性质的限制。
C．区内外进出，视同进出口：保税区的存在把现有关境分为两部分，一部分是保税区这一特定地区，另一部分是实行一般通关管理的非保税区。由于保税区与境外之间进出货物采取了简化手续的做法，因此，对保税区与非保税区之间视同进出口，即按照一般的有关进出口的管理规定来办理相关手续。
二、出口加工区
改革开放以来，我国加工贸易得到了长足的发展，但是在加工贸易发展中也出现了许多问题，其中比较突出的是加工贸易的迅速发展与海关的有效监管没有能够实现同步增长，在加工加工贸易环节出现了一些走私违法行为。为了实现对加工贸易的“圈养”，达到即能促进加工贸易的发展，又能保障国家利益不受损害，我国从2000年开始设立了出口加工区。
出口加工区是海关监管的特定区域。为了防止重复建设，在我国境内设立出口加工区，只能设在已经国务院批准的现有经济技术开发区内，并由省（自治区、直辖市）人民政府报国务院批准。海关在加工区内设立机构，对进、出加工区的货物及区内相关场所实行24小时监管。
出口加工区与境内的其他地区（简称“区外”）之间，须设置符合海关监管要求的隔离设施及闭路电视监控系统。经海关总署对加工区的隔离设施验收合格后，方可开展加工区有关业务。区内设置出口加工区管理委员会和出口加工企业、专为出口加工企业生产提供服务的仓储企业以及经海关核准专门从事加工区内货物进、出的运输企业。除安全保卫人员和企业值班人员外，其他人员不得在加工区内居住。保税区内也不得建立营业性的生活消费设施。
区内不得经营商业零售、一般贸易、转口贸易及其他与加工区无关的业务。
在出口加工区内设立的企业（简称“区内企业”），应向海关办理注册手续。区内企业应当依据《中华人民共和国会计法》及国家有关法律、法规的规定，设置符合海关监管要求的账簿、报表。凭合法、有效凭证记账并进行核算，记录本企业有关进、出加工区货物和物品的库存、转让、转移、销售、加工、使用和损耗等情况。出口加工区实行计算机联网管理和海关稽查制度。区内企业应建立符合海关监管要求的电子计算机管理数据库，并与海关实行电子计算机联网，进行电子数据交换。
海关对加工区与境外之间进、出的货物，由货主或其代理人根据加工区管理委员会的批件，填写进、出境货物备案清单，向主管海关备案。
海关对加工区与境外之间进、出的货物，按照直通式或转关运输的办法进行监管。
加工区与境外之间进、出的货物，除实行出口被动配额管理的外，不实行进出口配额、许可证件管理。
从境外进入加工区的货物，其进口关税和进口环节税，除法律、法规另有规定外，按照下列规定办理：
1．区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资，予以免税；
2．区内企业生产所需的机器、设备、模具及其维修用零配件，予以免税；
3．区内企业为加工出口产品所需的原材料、零部件、元器件、包装物料及消耗性材料，予以保税；
4．区内企业和行政管理机构自由合理数量的办公用品，予以免税；
5．区内企业和行政管理机构自用的交通运输工具、生活消费用品，按进口货物的有关规定办理报关手续，海关予以照章征税。