在1994年实行分税制时，为了既保持地方既得利益，又能逐步达到改革的目标，中央决定对地方的税收返还数额以1993年为基数核定。在宣布这个消息之后的4个月内，许多地方为争取更多的返还额狠抓地方税收收入，有的地方的税收额竟然比上年增长40％以上!这种征收“过头税”、计划征税的行为一直延续到现在，而且为了保持住税收返还额，许多地方政府还在财政收入和支出上作假，使财政统计数据“掺水”，直接损害了国家和人民的利益。
分税制改革一个重要目的是缩小地区之间的财政差距，合理调节地区之问的财力分配，但实际运行结果并不理想。中央决定把一定的财政转移支付作为对地方超额完成征税任务的奖励，对于税源充足的经济发达地区，由于容易完成税收任务，也就可以从中央得到更多的转移收入；而经济落后的地区却因税源不足等自身客观条件的限制，无法获得与经济发达地区同样比例的税收返还，仍然面临着不平等的待遇。比如1998年，获得转移支付最多的是北京、上海和天津等经济发达地区，而落后省份获得的收入却很少。
当地方政府的财政收入不足以实现财政支出的时候，一般利用三种途径来弥补：向下摊派收费，扩大预算外收入和非预算收入，借债等等，造成了地方预算外和非预算收入的迅速增长。1998年地方预算外财政收入占全国预算外财政收入的比重从1992年的55.7％上升到94.7％，地方预算外支出占全国预算外支出的比重从56.4％上升到98.2％。
地方财政预算外收支的迅速增长，对于缓解地方预算资金的供求缺口、补充地方财政的经济调控能力、加大对地方公共产品的投入、促进地方经济的发展，发挥了一定的积极作用。但是，这些年来的实践证明，过多的预算外资金(1998年一度达到地方财政收入的91.9%，1994—1998年地方预算外资金占地方财政收入的平均比重达67.2％)在侵蚀预算内收入的同时，也搞乱了社会正常分配秩序，滋生了腐败现象。如何合理、适度地控制预算外资金的收支，已经成为我国经济与社会生活中的焦点之一，也是事关改革、发展、稳定大局的大事。因此，必须采取切实可行的措施消除分税制给经济社会生活和地方财政带来的消极影响。
首先，要明确并合理划分中央政府和地方政府的事权范围。在市场经济条件下，政府的职能--事权范围主要由以下两个方面组成：一是提供必要的公共产品来纠正“市场失灵”或拾遗补缺，如建立和执行法制、建立和维护社会秩序、建设基础设施等等。二是建立和健全社会制度，维护社会公平和公正，保障社会经济生活稳定发展，如建立社会保障体系、实行地方政府之间的财政转移支付等等。同时把这些职能划分到中央政府和地方政府以便执行。因此，要本着事权与财权相统一的原则赋予地方较大的自主权，由地方政府负责地方主要公共事务，毕竟地方政府具有更多的本地信息，可以用较少的成本来实现对地方事务的处理，而中央政府只是提供全国性的公共产品，对全国经济建设进行调控，并使“双主导”经济发展格局，转变为地方政府和市场化因素共同主导的经济发展格局。
其次，在划清事权的基础上，要实现事权的清晰和财权与事权的统一。要进一步完善省级以下的分税制，赋予地方政府一定的税收权和发债权。1994年开始执行的分税制改革是不完善的分税制。第一，它只是在中央和省级两个层次上实行，省级以下的地方政府还没有纳入分税制体系，必须进一步完善。第二，税收权包括立法权、征收权、减免权等，目前大部分税收权集中在中央政府，与以前“分灶吃饭”的财政体制没有太大的差别，地方政府只是中央税收政策的执行者，对本地的税收权十分有限。要进一步扩大地方政府的税收权，以便地方政府实现税收手段对本地经济的调控能力；加快建立和健全地方税收制度体系，以实现地方财政收入的合理增长。第三，对地方财政预算外收支，必须严格约束在合理、适应的范围内：把一部分预算外收支纳入预算内收支；与其让地方政府用收费i摊派等行为实现收入的增加来弥补财政预算的缺口，不如赋予地方政府一定的发债权，实现权利与义务的统一，毕竟乱收费乱摊派是把地方公共产品的负担全部压到当代人身上，而发债则可以实现负担在后来享用地方公共产品居民与当代居民之间的合理分配。