内部审计的重要作用之一是通过风险评价，保证高级管理者和董事会知晓公司经营所面临的重要风险，以及时制定相应的程序对风险进行管理，防患于未然。内部审计在上市公司风险管理及公司治理中，所发挥的具体作用包括以下几个主要方面：
1、在内部控制有效性方面。
（1）评价内部控制体系的健全性。（2）评价内部控制体系的适用性。（3）评价内部控制体系的针对性。（4）评价内部控制体系对实现经营目标的保证程度。（5）评价内部控制体系在公司治理及风险管理方面的保证程度。（6）评价内部控制体系建立的成本效益性。（7）评价公司内部控制薄弱环节及其缺陷。（8）为高级管理层对内部控制是否有效提供判断依据。
内部审计工作根植于公司内部，在各管理层面和经营环节上拥有其他部门难以知晓的信息资源，熟知公司的经营管理，并以内向性服务为活动宗旨，通过有针对性的审计工作，对公司内部控制做出切实的评价，并在审计成果中得到清晰体现。因此，内部审计在公司内部控制有效性方面应发挥积极作用，在公司经营的安全与发展上提供真正意义的保证，起到其他部门不可替代的作用。
2、在促使公司规避各种风险方面。
在保证内部审计工作独立性、客观性的前提下，从评估风险管理过程的充分性和有效性中发挥以下职能作用： （1）评价公司经营环境变化影响而造成的风险。（2）评价公司经营战略重心转移而产生的风险。（3）评价公司经营机制转变产生的风险。（4）评价公司控制程序变化产生的风险。（5）向董事会等高级管理层预警、示警。（6）评价公司面临风险的性质和程度。（7）评价公司可承受风险的程度和类型。（8）评价实施特殊风险控制的成本。
上市公司面临的竞争愈加激烈，竞争带来了机遇和挑战，同时也带来了风险。作为上市公司的内部审计部门，如何更好地控制和降低公司经营风险，是内审部门首要考虑的因素之一，即内部审计部门对公司经营风险做出准确、及时的评价与警示。
在风险导向的内部控制下，内部审计计划与公司风险管理策略紧密联系在一起，公司治理与内部控制之间形成了良性互动关系，针对公司面临的不断变化的风险，通过内部审计视角对经营过程进行敏锐的观察，对管理中存在的缺陷或失败进行快速报告，促使高级管理层做出快速反应，并且及时地采取防范、纠正措施，使内部审计工作有机地融入公司治理和风险管理过程中，从传统的强调关注风险因素，逐步转向关注情景规划，通过在规避风险、转移风险和控制风险方面向公司提供帮助等工作，发挥内部审计作为一项管理过程不可或缺的重要作用。
3、在促使公司实现价值的最大化方面。
上市公司追求公司价值最大化，可以通过增加产品销售收入和降低产品成本两种途径来实现公司账面有形价值的提高，但追求公司无形价值增大的过程，却往往未能引起广泛的关注。
公司无形价值涵盖开发的无形资产、公司的文化、员工的综合素质、队伍的凝聚力等内容，也就是公司的品牌内涵，只有在购并活动中才能体现其存在的真实价值。
内部审计部门长期以来将审计资源完全投放在牵涉公司影响有形价值提高的各因素的审计，并取得了显著的审计成果，但在一定程度上忽视了对增加公司无形价值诸因素的审计，这是内部审计工作的一个盲点，更是审计项目管理上的缺陷。
在进行公司无形价值的审计过程中，应就以下几个方面发表审计意见或建议，在提升公司整体价值过程中发挥内部审计工作的参谋职能作用：
（1）评价无形资产的购置或开发：是否是公司所必需；是否代表了先进水平；是否符合经营实际；是否符合成本效益原则。（2）评价公司文化：公司文化体系的建立；公司文化保障体系如何；公司整体综合素质处于什么层次；公司富有凝聚力的突出特点；公司缺乏凝聚力的具体表现；亟待改善的方面。（3）评价人才培育及人才利用：人才培育激励制度；人才培育保证制度；人才利用激励制度；人才利用保证制度等的建立健全。