指令性计划曾经是国防科研管理成功的运行体制，可是，今天已经到了非改革不可的地步了。这是因为，一是国际环境发生了深刻变化，尽管和平与发展成为当今世界的主流，各军事与政治大国纷纷缩减军备数量，但是他们一刻也没有放松保持在高技术武器装备方面的优势。只有改变不适应武器装备发展的管理机制，才能够缩小与发达国家的差距，在高技术武器装备领域占有一席之地。二是国家政策发生了根本性变化，近二十年来实现了国家战略重点向经济建设的转移，确定了社会主义市场经济发展模式，鼓励和扶持多种所有制经济并存和发展。在这种大环境下，幻想靠行政命令就可以完成国防科研任务是不现实的。三是科研项目承担单位的性质发生了根本性的变化，科研单位从政府和行政部门的附属，转变为独立的法人实体，经济收入从单一的科研和事业费拨款转变为以市场为导向的经济主渠道，国防科研单位已经紧密地融入了市场经济的海洋。四是国防科研项目所具有的高技术性质更加突出，使得在努力满足战场需求的同时，市场转化显得日益重要。在国际国内环境发生深刻变化的情况下，如果仍然沿用旧的管理方式，就会严重影响我国的国防现代化建设。
二、国防科研管理改革的主要方面
国防科研管理改革首先要在管理机构和用人制度上下工夫。围绕现代战争对武器装备发展的客观要求，必须精简机关，简化办事程序，减少中间环节，打破行业、专业、地域界限，按照现代管理制度建立精明的、对项目执行负全面法律责任的甲方实体管理队伍，形成集中统一的决策、执行和监督机制。管理人员按项目设置岗位，实行聘任制和竞争上岗、执行和监督机制。管理人员按项目设置岗位，实行聘任制和竞争上岗，切实把政治素质好，专业水平高，业务能力强，管理经验丰富的年富力强的人员吸收进来。那种机构臃肿、职责不清、人浮于事的现象再也不能维持下去了。
其次是改变传统的科研计划投资制度为国家定货制度。实行委托谁定货，谁就对委托方负责；谁研制就向谁定货。建立项目有偿投资和成果有偿使用机制，真正把科研项目引导到生产急需的科研成果上，把科研成果转化为形成战斗力上。(争取多渠道筹集资金，建立军用基础科学基金制，鼓励科技人员在新原理、新材料、新方法、新概念武器系统等的基础理论研究。)国防科研从规划开始就要考虑军民兼容程度，而不是产生了成果之后才考虑转化问题。改变每个项目都采用五年计划的方式，按照国防需要和技术发展规律设定合同的起始和结束时间。
三是制订符合我国特点的法律和政策，建立与市场经济相一致的国防科研法律法规体系。加强宏观规划管理，改变过去那种以行政命令包办一切的管理方式。调动国防科技人员或者有志于国防科研的人员的积极性，在统一有序的前提下，广开言路，广开才路，广开渠道。充分运用国际上和民用上的基础研究成果，使国防科研计划与发展战略相一致，基础研究、应用研究和产品研制互相衔接，经济投入与实际效果相匹配。发展武器装备要改变走仿制的老路，切实把国防科研工作建立在创新的基础上。对承担军工科研任务的单位实行认证制度，在认证的范围内实行公开、公平的竞争机制。
四是依法实施项目管理。项目管理要以合同为执行依据，以经济为调节手段，以法律为合同保障。合同要真正体现双方共同的意愿，体现平等的法律地位。在有专门的国防法规时，按照法规管理，没有专门法规时，以市场经济法规管理。加强国防法、科技法、知识产权法和经济法的贯彻实施。加强监督机构的建设，保障监督机构的独立性和中立性，使他们的工作不受干扰。
五是加强国防信息网的建设，利用计算机和现代信息手段，提高管理的效率。
三、改革所具备的基础
当前，进行国防科研管理体制改革是有基础的。一是国防科研合同制管理已经走过了一个探索过程，在一些领域已经形成了一支较为规范的合同管理队伍。二是在市场经济总要求下，国防科研单位结构已经进行了重组，科研人员的观念已经发生了转变，这些单位和人员对合同制管理表现出强烈的要求。三是发达国家在国防科研管理上的理论和经验可以借鉴。