雍正和乾隆年间的信仰禁锢与文字狱事件更为人所熟知。1724年雍正诏书产生的严厉政策一直持续到条约时代——《南京条约》和《北京条约》在羞辱中华帝国的同时开辟了传教的合法性。值得一提的是，在这些文化灾难中，知识分子是受害者，但同时也有另外一批知识分子是凶手——他们为朝廷的迫害行动提供了“专业上的支持”，而在一些案例中，他们就是始做佣者。这种传统在今天一些著名的宗教迫害事件中同样被继承下来了——我们看到，业内人士是如何在别人的苦难上落井下石的，他们为国家暴行提供了“学术支持”或政治合法性。在清朝众多殉教的兄弟姐妹中，一位叫林昭（1817-1858，贵州人）的女信徒特别引人瞩目。她和20世纪北京大学另一位女信徒林昭同名而给人印象深刻。后来的林昭死于无产阶级专政，而这位林昭死于士大夫官僚对儒家官学的忠诚——审判她的官员是一位典型的士大夫，他真诚地相信林昭得了“神经病”。她的死同样是惨烈的。
当然，最引人瞩目的教案发生在义和团运动时期。近年来由于对义和团运动的深入和相对开放的研究，真相已经开始披露出来。总体上说，在这一整场灾难中，传教士是无辜的。这里我们关心的问题是：那些乡民所相信的关于传教士的各种荒唐而恐怖的传闻（教士吃婴儿、剥人皮，挖小孩的眼睛、军事间谍、集体淫乱等等）是从哪里来的呢？义和团的“意识形态”是谁提供的呢？我同意作家余杰先生在这个问题上的看法：显然是当地知识分子编造和提供了这些故事或谣言。他们拥有这种“创作能力”和“艺术想象力”。还有一点，当时的知识分子（特别是所谓的清流党人）为义和团提供了全部的民族主义偏见。如果这一推理成立的话，那么可以说义和团运动是民族主义知识分子发起却置身事外的一场排外反教运动。“理论掌握了群众”，知识分子的反教事业在上世纪初达到了辉煌的高潮。在这里也许我们可以给反省“庚子事变”的自由派知识分子一个忠告：仅仅反省民族主义和暴民的勾结是不够的，反省者应该看到知识分子本身在这场动乱中的幕后角色。这是一个极其不光彩但却至关重要的角色。
1919年5月4日，隐藏在幕后的知识分子终于来到了前台。这时候，一个引人瞩目的变化出现了。中国知识分子不得不放弃宋明理学这种反教资源，开始从不同方面接受马克思主义关于宗教的全部胡说。马克思主义从德国和法国的激进知识分子以及工业无产阶级的饥饿状况中总结了欧洲对宗教的历史性偏见，但他可能没想到，他关于宗教问题的全部见解在中国拥有了最坚定、最持久和最庞大的信徒——即使到今天，即使那些对马克思哲学和社会学说嗤之以鼻的学术新贵，也打算在“鸦片论”和“反映论”面前俯首称臣——他们不会忘记同时拉上罗素站在自己的门前，尽管罗素在这个问题上的很多见解是极端轻率和信口开河的。不过早期的在华传教士可能会感到惊诧：那些法国的唯物主义作家，那些启蒙时代的文化英雄（伏尔泰等）恰恰是在他们给欧洲的信件中找到了中国世俗理性的新资源。当然，这责任不在传教士身上。现代激进的中国知识分子先从法国后从俄国获得了他们关于宗教的全部知识，然后他们回来了，他们打算以新真理的名义完成“沈杨”的未尽事宜。与此同时，蒋介石从右翼开始帮助他的左派对手：它打算复兴孔教、以更激进的民族主义态度与中共的“卖国主义”（亲苏）争夺民众的掌声。在20世纪20、30年代，国共两党及其知识精英，在反宗教这个问题组成了某种“统一战线”，这种“联合”使人想起太监和知识分子在晚明时期的“精诚团结”。
当然这种合作是短期的。我不知道蒋介石的转向是和“枕边风”（蒋夫人是一位基督徒）有关，还是和当时的政治需要有关，至少1937年以后，他似乎开始对基督教表示友善。也许教会对共产主义的一些反应以及抗日战争的爆发促进了国民党后期的亲宗教政策。早在1924年，上海召开了中国第一次天主教主教会议，这次会议以拉丁文编撰的《主教会议条例汇编》第201条“要人们提防那些有害家庭及财产的破坏性组织，因为他们不是为自由服务，而是实际上导致对全民的奴役。”1937年，教宗在《神圣救主》通谕中指责无神论共产主义是人类和家庭的破坏者。教会这些反应获得了中国右翼知识分子的好感，但无疑和“左翼文艺”及其大本营延安结下了仇。